В конце 2006 г. фильм получил три премии «ТЭФИ». Тем самым телевизионных дел мастера убедительно продемонстрировали, что для них самое главное — рейтинг, даже если он достигается ценой грубого обмана. А то, что при этом совершенно беззастенчиво попирается наука, что людям навязываются средневековые представления, организаторам премиального балагана безразлично…

В том же номере бюллетеня приводится пример того, как снимались сюжеты с учёными, выступавшими в фильме: Фильм возмутил научную общественность. Правда, есть «учёные», которые осознали, что на науке много не заработаешь, зато на обмане людей можно делать большие деньги. Подобных перевёртышей в науке мало. Но именно они собраны в фильме. Нелишне повторить, что исключением среди них является лауреат Нобелевской премии Курт Вютрих, который сообщил мне, что российские телевизионщики снимали в США его рассказ о воде целый час. Однако в фильм включили лишь три малозначительных фрагмента по 20 секунд. Его рассказ мастеров обмана мало интересовал. Им было важно назвать в этом пасквиле имя крупного уважаемого учёного.

В № 7 бюллетеня комиссии РАН (2010 г.) С. Г. Кара-Мурза в статье об обскурантизме на телевидении заявляет, что позиционирование таких фильмов, как «Великая тайна воды», научно-популярными препятствует восстановлению авторитета науки в обществе.

В предисловии к бюллетеню № 5 Комиссии РАН по борьбе с лженаукой (2009 г.) фильм оценивается как внесший «ощутимый вклад в стимулирование лженауки на новые „исследования“ воды, граничащие с чудом».

По словам телекритика Ирины Петровской: «Великая тайна воды» — это очень красивая такая история, очень красивая с точки зрения телевизионной картинки, но при этом очень сомнительная с точки зрения соответствия научной истине, потому что там доказываются такие вещи, что вода, как живой организм, она имеет память, она реагирует на агрессивные слова. Это может быть очень интересно. Но дело в том, что немедленно люди, связанные с наукой, имеющие отношение к науке, сказали, что это полнейшее мракобесие.

Алексей Паевский в статье «Пипл хлебает», вышедшей в Газета.ру под рубрикой «Мракобесие», отметил «банальное незнание школьной программы» у авторов фильма и привёл несколько примеров грубых фактических ошибок:

• в фильме звучит вопрос «Почему из всех жидкостей у воды самое высокое поверхностное натяжение?», однако наибольшее поверхностное натяжение имеет ртуть — 465 Н/м, вода — только 73 Н/м.
• в фильме звучит фраза «…только вода — единственное вещество на планете — может находиться в трёх состояниях (жидком, твердом и газообразном)», однако в трёх состояниях может находиться практически любое вещество, даже одновременно, см. «тройная точка».
• в фильме звучит фраза «Почему она (вода) является самым мощным растворителем на Земле?», однако даже уксусная кислота (не говоря об азотной или серной) является, по мнению Паевского, значительно лучшим растворителем.

Как пишет Паевский, «эти подтасовки возникли на экране в течение буквально одной минуты. А фильм длится больше часа». Он считает, что эти ложные утверждения авторов являются преднамеренным обманом: «Авторы до того уверены, что пипл схавает или, вернее, схлебает их сказку, что обманывают даже в тех местах, где их может уличить абсолютно ничего не понимающий в науке человек». Паевский указывает на то, что Эмото Масару, представленный в фильме как «исследователь воды», является одновременно главным спонсором фильма и создателем религиозной секты, продающей «„намоленную воду“ по 35 долларов за пять унций. Получается, что канал „Россия“ предоставил бесплатную (?) рекламу в прайм-тайм товару под названием „Indigo Water — геометрически совершенная вода с посланием вашему телу“».

Марина Аствацатурян, научный обозреватель радио «Эхо Москвы», считает, что вода стала «объектом сотворения псевдонаучных сенсаций, часть из которых сконцентрирована в так называемом „научно-популярном“ фильме „Великая тайна воды“». Аствацатурян утверждает, что фильм насыщен «обилием несоответствий действительности» и приводит некоторые их примеры:

• «полтора литра воды впитывается через кожу, когда мы принимаем душ или ванну» — легко опровергается взвешиванием до и после душа.
• согласно фильму, суперматерик Гондвана существовал 3,5 млн лет назад — на самом деле от 530 млн лет и ранее.
• авторы фильма акцентируют внимание на загадочности процесса поднятия воды по стволам деревьев, однако капиллярные силы известны со школьного курса физики.

Впрочем, это имеет такое же отношение к свойствам воды, как фильм, показанный по федеральному, то есть существующему на деньги налогоплательщика, каналу, к науке (о спасении которой заговорила власть) и к её популяризации. То есть никакого отношения.

Виктор Матизен в статье в «Новых известиях» раскритиковал награждение фильма премией «Лавр»: «Отдав премию паранаучной и притом заведомо недобросовестной ленте, Совет „Лавра“, в котором доминируют представители телеканалов, фактически выдал „великую тайну“ самого телевидения — его готовность обрабатывать мозги любыми средствами» .

Фильм вызвал критику представителей Русской православной церкви, обвинивших создателей в оккультном и эзотерическом содержании, выдаваемом за науку, а также в дезориентации верующихПикалев А. // сайт РАЦИРСБелодуров Г. // Журнал «Нескучный сад». Георгий Белодуров отметил, что большинство участвующих в фильме «академиков» являются академиками РАЕН.

Награды

• Три премии ТЭФИ, в номинациях: «Документальный фильм», «Режиссёр телевизионного документального фильма/сериала», «Оператор телевизионного документального фильма/сериала».
• Премия «Лавр» в разряде «лучший научно-популярный фильм»http://www.vertov.ru/Pressa/Drygie_pyblikacii/index.html.