Как раз в это время Дан Сванё переключается на вторую гитару, а на место баранщика берут Мартина Аксенрота, известного по группам Witchery, Satanic Slaughter, а также сейчас играющего в группе Микаэля Opeth. Второй альбом вышел в сентябре 2004-го года и имел название Nightmares Made Flesh. На нём было замечено прогрессирование группы, тем более став теперь квинтетом, она стала окончательно не временным проектом музыкантов, а именно полноценной группой.

Wacken Open Air 2005 и новые потери

Тем не менее в феврале 2005 года о своём уходе заявляет Питер по причине «конфликтующих графиков», но в августе 2005-го Микаэль Окерфельдт снова присоединяется к группе, но лишь для выступления на фестивале Wacken Open Air в Германии, единственном концерте, который музыканты дали в этом году, он в будущем вошёл на DVD, выпущеном аж в 2008-м году. После этого концерта у Блекхайма была похищена его гитара ES S-88AN чёрного цвета, сделанная специально на заказ под него, и так и не была найдена.

В сентябре 2005-го коллектив продолжил поиски вокалиста. Но на этом проблемы не закончились. В августе 2006-го группу покидает ещё один из основателей, а именно Дан Сванё. Хотя его уход из BLOODBATH был довольно противоречивым. Группа заявила, что вынуждена была расстаться с музыкантом, мотивируя, как музыкальными разногласиями, так и его большой занятостью в других проектах, но Сванё же не только не подтвердил, а почти полностью опроверг завленное группой. По его словам, Блекхайм сам прислал ему e-mail, с сообщением о том, что они больше не нуждаются в его услугах, сам мульти-инструменталист не воспринял это враждебно, заявив лишь: «Я желаю парням всего наилучшего и надеюсь, что они вежливо спросят у меня разрешение играть мои вещи вживую для вас». Таким образом группа осталась без второго гитариста, кроме того, подходящий вокалист всё ещё не был найден.

Второе пришествие и запись нового материала

27 марта 2007-го группа сообщила о том, что состав всё ещё недоукомплектован, но они работают над новым материалом и планируют выпустить mini-CD уже к концу лета, но этого не произошло. В августе 2007 года Йонас Ренксе на официальном форуме группы развеял все слухи и сообщил о том, что работа в прогрессе.

30 января 2008-го года на официальном сайте группы было опубликовано сообщение о том, что Микаэль Окерфельдт снова вернулся в группу и готов продолжать работу над новым материалом. Вместе с ним также был принят и новый второй гитарист Пер Эрикссон, успевший поиграть в группах 21 Lucifers и Genocrush Ferox, и ранее уже работавший, как техник в BLOODBATH и Katatonia. В таком составе они сначала дописывают и издают весной EP Unblessing The Purity. По поводу своего возвращения и записи нового материала Микаэль заявил следующее:

И, уже к середине осени, новый долгожданный альбом The Fathomless Mastery, ожидание которого составило почти 4 года, увидел свет. В том же году выходит запись концерта группы на Wacken Open Air 2005-го года на DVD и CD, получившие название The Wacken Carnage. По этому поводу группа обнародовала следующее заявление:

17 января 2009-го года группа опубликовала следующее объявление:

Последние два релиза и DVD были выпущены на лейбле Peaceville Records, в то время, как остальные релизы были выпущены на Century Media.

В конце февраля группа заявила о том, что вплоть до 2010-го года группа не будет проводить какие-либо концерты или туры, по причине занятости Микаэля и Мартина в Opeth, а после непродолжительных поисков, замену для концертов им решили всё-таки не искать и приняли решение о приостановлении концертной деятельности.