Вслед за Hounds of Love был выпущен сборник хитов The Whole Story (1986), также достигший первого места в хит-параде Великобритании, а 1989 году вышел альбом The Sensual World, который, несмотря на отсутствие больших хитов, почти повторил успех предыдущего номерного альбома (второе место в британском хит-параде, сорок третье и «золотой» статус в США).

В 1993 году Кейт Буш выпустила свой очередной альбом The Red Shoes (album). Материал для него записывался в расчёте на концертное исполнение, поэтому музыка и аранжировки на этом альбоме не отличаются изощрённостью, свойственной предыдущим работам исполнительницы. В период работы над альбомом в личной жизни Кейт Буш произошёл ряд перемен и печальных событий, включая потерю матери и расставание с любимым человеком, что также нашло отражение в её песнях, которые стали как никогда мрачными. Альбом получился вполне коммерчески успешным, и никто не мог предположить, что вслед за его выпуском последует период молчания, затянувшийся на долгие двенадцать лет.

Период затворничества и возвращение в музыку

После выхода The Red Shoes Кейт Буш надолго отошла от музыкальной деятельности. Первое время в прессе активно циркулировали слухи о том, что она вот-вот вернётся с новыми работами, однако к концу 1990-х певица вообще полностью исчезла из поля зрения прессы и поклонников. В 1998 году она родила сына Альберта (вездесущей британской прессе удалось об этом узнать лишь два года спустя) и полностью посвятила себя семье. Как объясняет сама Кейт Буш, её отшельничество стало сознательной попыткой обеспечить своему ребёнку нормальное детство, не омрачённое излишним вниманием со стороны посторонних людей, неизбежным для детей всех знаменитостей.

В 2001 году Кейт Буш получила награду «Best Classic Songwriter», учреждённую журналом Q. В начале 2002 года она впервые за более чем десять лет выступила на сцене, исполнив композицию «Comfortably Numb» на концерте своего старого друга Дэвида Гилмора, куда она была приглашена в качестве специального гостя. В том же году Буш получила награду Британской академии композиторов за выдающийся вклад в британскую музыку.

Восьмой студийный альбом Кейт Буш Aerial (album) увидел свет 7 ноября 2005 года. В его записи принял участие основатель Procol Harum Гэри Брукер, а накопленного за годы молчания материала хватило на два полновесных компакт-диска. Новый альбом был как обычно хорошо принят критикой и получился достаточно успешным в коммерческом плане (в Великобритании он получил «платиновый» статус уже через три недели после начала продаж), хотя ни сама певица, ни записывающая компания практически не занимались его продвижением (выпуску альбома предшествовал единственный сингл «King of the Mountain (song)», добравшийся до четвёртого места в британском хит-параде).

16 мая 2011 года вышел в свет новый официальный сборник Кейт Буш Director's Cut (Kate Bush album), содержащий переработанные и дополненные авторские («режиссёрские») версии избранных песен из альбомов The Sensual World (1989) и The Red Shoes (1993).

21 ноября 2011 года был выпущен десятый студийный альбом Кейт Буш — 50 Words for Snow.

Работы в кино и на телевидении

Кейт Буш является страстной любительницей кино (многие её песни написаны под впечатлением от просмотренных фильмов) и всегда проявляла интерес к работе в этой сфере. Её первой работой для кино стала песня «The Magician», прозвучавшая в фильме «Люблинский штукарь» (The Magician of Lublin), снятом по одноимённому роману Исаака Башевиса-Зингера. В 1985 году она записала свою версию классической бразильской песни «Aquarela do Brasil» («Brazil») для фильма Терри Гиллиама «Бразилия»; год спустя — песню «Be Kind To My Mistakes» для фильма «Castaway (film)» известного британского оператора и режиссёра Николаса Роуга. Песни Кейт Буш также звучали в фильмах «У неё будет ребёнок», «Плоть» и других.