Следующие пару лет Danzig были заняты судебными препирательствами с Риком Рубином насчёт прав на неизданный материал группы, записанный на American Recordings. Получив по результатам суда все права, Danzig вошли в студию для записи шестого полноформатного альбома. В ноябре 1999 Danzig 6:66 Satan's Child был издан, вызвав смешанную реакцию у поклонников и критиков. Альбом представлял собой темный и тяжелый хард-рок, подчеркнутый умеренной электроникой, с Данзигом, поющим на многих песнях нехарактерным хриплым шепчущим голосом. Некоторые критики и поклонники описывали звучание альбома как схожее с нью-металом, жанром тяжелой музыки, которую Данзиг ненавидел. Эту схожесть часто списывали на то, что продюсированием альбома занимались Джей Гордон и Амир Дерак из электропоп/нью-метал-группы Orgy

После 2000

В 2000 состав Danzig стабилизировался с добавлением гитариста Тодда Юфа и бас-гитариста Хоуви Пиро, оба ветераны нью-йоркской панк-сцены. В 2002, с этим составом был записан и выпущен альбом Danzig 777: I Luciferi. Альбом был лишён электроники и содержал несколько наиболее мрачных и тяжёлых песен за всю историю Danzig. Несколько треков с I Luciferi отсылают к классическому звучанию группы, и многие поклонники сочли это признаком возвращения Danzig к своему раннему стилю, хотя некоторые были разочарованы качеством записи альбома.

В 2004, Danzig выпустили восьмой студийный альбом, Circle of Snakes, который, как и предыдущий альбом, многие поклонники сочли одним из лучших в плане вокала, со времен классической эры группы. На Circle of Snakes состав группы был вновь изменен и теперь включал Томми Виктора из Prong на гитаре; Виктор уже выступал в турне в качестве участника Danzig несколько лет назад, но никогда не принимал участие в записи альбома с группой. Звучание снова претерпело изменения, на этот раз в каждой песне доминирующую роль играла гитара Томми Виктора. Это стало поводом для нареканий со стороны критиков, потому что ударные и вокальные партии были похоронены под плотным звуком гитарных партий Томми.

Вскоре после выхода этого альбома, Danzig заняли место хедлайнера в туре по США Blackest of the Black tour, заменив ударника Бевана Дэйвиса (сыгравшего на Circle of Snakes) на Джонни Келли из Type O Negative. «The Blackest of the Black» был предназначен для того, чтобы наиболее любимые андеграундные группы Гленна Данзига смогли привлечь больше слушателей, а поклонники тяжелой музыки получили альтернативу фестивалю Ozzfest, который, по мнению Данзига, начинал переполняться коммерциализированными нью-метал-группами. На время концертов Blackest of the Black, проводимых в 2005, к составу Danzig присоединился наиболее известный гитарист Misfits Дойл для исполнения классических песен Misfits. Эти концерты стали первым случаем за 20 лет, когда Danzig играли с Дойлом, и билеты на многие из этих концертов были полностью проданы.

В течение 2006, Гленн Данзиг неоднократно говорил в различных интервью, что все больше устает от бесконечного цикла туров, и не намерен в дальнейшем принимать участие в каких-либо крупномасштабных концертных турне. Вместо этого, Данзиг планировал устраивать небольшие локальные туры, такие, как десять концертов, проведённых на западном побережье США в рамках тура 2006 Blackest of the Black. В этом туре дебютировал Кенни Хики из Type O Negative в качестве нового гитариста группы, а во время концертов на восточном побережье к составу добавился бывший участник Samhain, Стив Зинг на бас-гитаре. Данзиг сказал, что планирует использовать освободившиеся от участия в турах время, чтобы закончить различных незавершённые проекты, и уделить больше внимания немузыкальным увлечениям, таким как написание сценариев к фильмам и режиссура.