Состав Exodus с новым фронтменом оказался довольно стабильным на протяжение нескольких лет, и с ним были записаны несколько альбомов. Подпольный успех, достигнутый группой благодаря выходу Bonded by Blood, привёл группу к заключению контракта с Sony/Combat Records. Вскоре выходит новая работа группы - Pleasures of the Flesh, в которую вошли композиции, написанные еще с Бэйлоффом, так и совершенно новые. Pleasures Of The Flesh показал группу с другой стороны — музыка стала более продуманной и утонченной, но потеряла в энергетике. Эта пластинка не смогла вернуть Exodus былой статус, но все же позволила как-то удержаться на плаву. Фортуна улыбнулась им только в апреле 1988 года, когда они получили возможность подписать контракт с крупной звукозаписывающей кампанией Capitol. Но, так как это означало новую тяжбу по расторжению контракта (на этот раз с Combat), участники группы приняли компромиссное решение — записать еще один альбом для Combat, а потом перейти на Capitol Records. Fabulous Disaster, третья пластинка группы, была выпущена в январе 1989 года. Видеоклип на песню "The Toxic Waltz" тогда часто крутили на MTV. В середине 1989 года покидает группу основатель группы ударник Том Хантинг, ссылаясь на болезнь. Его заменяет Джон Темпеста, в прошлом техник Чарли Бенанте, барабанщика Anthrax. На волне успеха пластинки, в начале 1990 года Exodus заключают контракт с компанией Capitol Records, которая в следующем году выпускает четвертую работу группы Impact Is Imminent, в целом довольно посредственную и неспособную поддержать успех прошлого альбома. В 1991 году группа выпускает свой первый концертный альбом Good Friendly Violent Fun, записанный во время тура 1989 года.

Force of Habit, распад и временное возвращение (1991–2000)

После выхода Good Friendly Violent Fun группа в течение года дает единичные концерты. Майкл Батлер заменил МакКиллопа за бас-гитарой. В 1992 году Combat, стремясь «срубить» лёгких денег, выпускает сборник лучших вещей Exodus периода пребывания на лейбле, и в том же году выходит очередной альбом Force Of Habit, координально отличающийся от прошлого творчества группы. Пластинка содержала множество медленных, "более тяжелых" песен с гораздо меньшим акцентом на скорость в отличие от старого материала. После обнародования Force Of Habit для Exodus наступают совсем тяжёлые времена — Джон Темпеста уходит к извечным конкурентам Testament (на короткое время его сменяет Крис Контос (экс-Machine Head, Testament). Не прилагая никаких усилий к продвижению Exodus, Capitol практически теряют интерес к группе. К этому прибавились личные проблемы и заботы (вроде рождения дочери Холта), и группа погрузилась в летаргический сон.

Гэри и Рик, совместно с бывшим вокалистом Two Bit Thief и Attitude по имени Энди Эндерсон, начинают сайд-проект Behemoth, тут же получивший предложение от Energy Records. Несколько лет Exodus не функционировали.

В 1997 году группа воссоединяется с оригинальным вокалистом - Полом Бэйлоффом и ударником Томом Хантингом. Место басиста занимает Джек Гибсон. Exodus дает серию концертов, один из которых был записан и выпущен в качестве концертного альбома независимой немецкой фирмой Century Media. Выход Another Lesson In Violence вновь подогрел интерес к группе, которая, собравшись с силами, стала готовить новый материал и играть концерты. Но вскоре возникают проблемы с Century Media: группа осталась недовольна продвижением концертного релиза, а также из-за неудачной попытки выпустить концерт на видео, который был записан, но так и не вышел в свет.