Следующий альбом Bete Noire, как и предыдущий, стилистически мало отличался от музыки поздних Roxy Music: обе пластинки были танцевальными, выразительными, изящно аранжированными и несли в себе общее настроение изящной непринужденности. Между тем, идею первого сингла «The Right Stuff» была подсказана песней The Smiths «Money Changes Everything». Гитарист Джонни Марр, соавтор трека, записал здесь гитарные партии и с Ферри сыграл эту композицию (наряду с «Kiss and Tell») в телешоу NBC "Saturday Night Live.

В конце 1988 году Брайан Ферри впервые за пять лет вышел на гастроли, которые стартовали четырьмя концертами на лондонском стадионе «Уэмбли». По окончании гастролей он занялся подготовкой восьмого сольного альбома, с рабочим названием «Horoscope». Финансовые проблемы, некоммерческий характер некоторой части материала и перфекционизм Брайана Ферри в конце концов завели его в творческий тупик. На помощь пришёл бывший гитарист Procul Harum Робин Трауэр, взявший на себя функции сопродюсера. Результаты сессий не устроили Ферри, и тогда Трауэр предложил отложить работу и вернуться к кавер-версиям поп-стандартов, из которых и была собрана компиляция Taxi (1993), поднявшаяся в Британии до 2-го места. Первым синглом из альбома вышла композиция Скримин Джей Хокинса «I Put а Spell оn You».

Летом 1994 года Трауэр и Ферри провели ревизию записей, сделанных для «Horoscope», и часть материала переписали заново. Десятый сольный альбом, дополненный несколькими новыми композициями и озаглавленный Mamouna, был выпущен осенью 1994 года. В работе над пластинкой принял участие и Брайан Ино, с которым Ферри до этого не общался 21 год. Пока Ферри находился в мировом турне, в Англии вышел сборник More Than This - The Best of Bryan Ferry and Roxy Music, вскоре ставший платиновым.

В 1996 году Ферри приступил к студийному сотрудничеству с Дэйвом Стюартом из Eurythmics в проекте Alphaville. Дуэт не выпустил своих записей, но некоторые песни из этих сессий («This Love», «Sonnet 18», «Mother of Pearl») появлялись впоследствии на разных компиляциях

В 1996 Брайан Ферри записал композицию Берни Топина и Мартина Пэйджа «Dance With Life» для саундтрека «Phenomenon». В 1999 году он снялся с Аланом Партриджем в Comic Relief, благотворительном комедийном релизе компании ВВС. Песня «Which Way to Turn» (альбом «Mamouna») позже вошла в звуковую дорожку к фильму «The Walker» (2007, с Вуди Харрельсоном). В 1999 году Ферри выпустил сборник каверов «As Time Goes By», вдохновленный записями 20-х и 30-х годов (пластинка была номинирована на Грэмми), и принял участие в благотворительном шоу Net Aid, проходившем в Женеве. В 2000-м году концерты продолжились в Великобритании, Европе и в Южной Африке. 26 сентября 2000 года Брайан Ферри отметил свой 55-летний юбилей концертом в Санкт-Петербурге, который стал финальным в его мировом турне.

2001 —

В 2001 году Ферри, Mанзанера, Маккей и Томпсон реформировали Roxy Music и следующие два года провели в турне, первом за 18 лет.

При поддержке Манзанеры и Томпсона Ферри записал и сольный альбом Frantic (2002): наряду с двумя кавер-версиями Боба Дилана, здесь были представлены вещи, созданные в соавторстве — в частности, с Дэйвом Стюартом и Брайаном Ино («I Thought»).

После разрыва с Люси Ферри начал отношения с танцовщицей Кэти Тёрнер, на 35 лет его моложе (её можно видеть на DVD концерта Roxy Music 2001 года). Этот союз длился недолго; Ферри некоторое время встречался со светской дамой леди Эмили Комптон, затем с Алекс Кингстон. В 2006 году он возобновил отношения с Кэти Тёрнер.