Гиллан — очень сильная личность и не выносит, когда дела идут не так, как он того хочет. Он мог работать со мной, ибо был готов идти на компромисс, но с остальными членами Deep Purple, а в основном с Ричи, ему всегда работалось тяжело. Это был конфликт сильных личностей, и его нужно было прекратить. Мы решили, что Ян должен уйти. И неправда, что это Ричи выгнал Гиллана, потому что сие болезненное решение было принято всеми, руководствуясь только одним — интересами группы.

8 июля 1989 года состоялся фестиваль Rock Aid Armenia в поддержку пострадавших при Спитакском землетрясении. В фестивале приняли участие Гиллан и многие другие известные рок-музыканты. Главным событием фестиваля стала перезапись «гимна тяжелого рока» — хита Deep Purple «Smoke on the Water» с участием самого Гиллана, а также Ричи Блэкмора, Тони Айомми, Брайана Мэя, Джона Лорда, Криса Сквайра, Дэвида Гилмора, Джона Пола Джонса, Брюса Дикинсона, Роджера Тейлора и многих других.

Взятый на место Гиллана бывший коллега Ричи Блэкмора по Rainbow Джо Линн Тёрнер записал с группой альбом 1990 года Slaves and Masters, но ни публика, ни участники группы, ни её руководство не были довольны Тёрнером и его вокалом, после чего звукозаписывающая компания потребовала возвращения Гиллана в группу. И даже Блэкмор, несмотря на свою личную неприязнь к Гиллану, согласился с этим:

Иэн своими выходками и дурным поведением мне глубоко неприятен. Поэтому на личностном уровне мы с ним не общаемся. Я знаю, со мной тоже очень непросто, но Ян настоящий псих. С другой стороны, он самый великий вокалист в хард-роке. На сцене он такой, каким и должен быть. Он несёт свежую струю в современный рок. На сцене мы идеально дополняем друг друга, я могу быть самим собой, а не копировать, например, Стиви Вая. Но когда мы вне сцены, мы далеки друг от друга. Так было всегда. Джо всегда был мне другом. Он хороший певец, но нам нужен Ян. Он — человек совсем другого типа, — «Мистер Рок-н-ролл». Когда Джо появлялся на сцене, я сразу ловил себя на мысли, что Deep Purple превращается в Foreigner. Зачем? Он стал копировать Дэвида Ли Рота и полностью потерялся как индивидуальность. Я попытался его переубедить, но это дохлый номер.

Летом 1993 года Иэн Гиллан записывает с Deep Purple новый альбом The Battle Rages On, причём его воссозданный «творческий союз» с Блэкмором вновь оказывается краткосрочным: уже в ноябре 1993 года во время мирового турне Блэкмор уходит из группы. Так и осталось непонятным, зачем Блэкмор спасал группу, согласившись на возвращение Гиллана, сам нанеся ей (группе) серьёзнейший удар своим уходом всего через 3 месяца после этого. Видимо, всё-таки настолько сильна была неприязнь между ними.

С тех пор Гиллан остаётся в составе Deep Purple, при этом часто выступая отдельно от группы как со своей сольной программой, так и в проектах других музыкантов.

В апреле 2006 года Гиллан выпустил свой проект под названием Gillan’s Inn, где отражена вся его 40-летняя музыкальная карьера. В этом проекте приняли участие Тони Айомми, Джеф Хили, Джо Сатриани, Дин Ховард, а также его партнёры по Deep Purple Джон Лорд, Роджер Гловер, Йэн Пэйс, Дон Эйри и Стив Морс. В диск были включены песни Гиллана, записанные им в составе Deep Purple, Black Sabbath и его сольные композиции.