Mortal Throne of Nazarene — Upon the Throne of Apocalypse (1993—1995)

Пока группа гастролировала, продолжалась смена состава, в 1992 году Ронни Део сменил Дэн Камп.

Группа приступает к записи своего второго студийного альбома под названием Mortal Throne of Nazarene, который был выпущен 11 марта 1994 года на лейбле Relapse Records. Альбом Mortal Throne of Nazarene был записан на студии Excello Recording Studios Бруклин, Нью-Йорк в марте 1994 года с звукоинженером Гаррисом Шипоном, микширование альбом прошёл в стдии Metal Mark Studios Кливленд с мая по июнь 1994 года, мастеринг провёл Дэйв Ширк, оформлением альбома занимался Миран Ким и Уэс Бенскотер. Смена состава продолжалась и в августе 1993 года в группе появились бас-гитарист Дэйв Нидрист и барабанщик Джон Броди. В августе 1995 года на лейбле Relapse Records выходит ремиксовый альбом под названием Upon the Throne of Apocalypse, который представлял собой переписаные песни из второго полноформатного альбома группы, запись проходила в студии Excello Recording Studios, Бруклин, Нью-Йорк в марте 1994, с звукоинженером Гаррисом Шипоном, мастеринг провёл Дэйв Ширк.

Смены состава — Diabolical Conquest (1996—1998)

После европейского турне группу постиг новый удар, из группы уходит Крэйг Пиллард. С Ронни Део и Джимом Ро он организовывает «Disciples of Mockery». Джон МакЭнти собирает новый состав состоящий из гитариста и вокалиста Дуэйна Морриса, бас-гитариста Рэнди Скотта и барабанщика Кайла Северна, в течение очередного американского турне из группы уходит Рэнди Скотт, эту должность занимает Майк Доннели на сезон мексиканских гастролей, затем как сессионный музыкант бас-гитаристом становится Мэри Киулло, а на должность сессионного гитариста был приглашён Майк Сэез, а вокалистом на демо записи 1996 года стал Уилл Раммер. Затем группой в 1997 году в составе Джона МакЭнти, Кайла Северна, и Крэйга Пилларда, но он был приглашён как сессионный музыкант, был записан очередной EP под названием The Forsaken Mourning of Angelic Anguish, который был выпущен лейблом Repulse Records. В начале 1998 года группа начинает работу над своим четвёртым студийным альбомом, который вышел в 1998 году на лейбле Relapse Records, вокалистом на альбоме стал Дэниэл Корчадо, но через полгода передумал и ушел. Продюсером альбома стал Билл Коречки, также он отвечал за звукозапись, запись проходила в студии Mars Studio в Кливленде с ноября по декабрь 1997 года, мастеринг провёл Дэйв Ширк и Билл Юркевич.

The Infernal Storm — Blasphemy (1999—2002)

Какое-то время обязанности вокалиста исполнял Том Стивенс, затем на постоянной основе вокалистом и гитаристом стал Майк Саэз, уже часто выручавший группу. На место ушедшего Дэниэла Корчадо пришёл бас-гитарист Роб Енч, группу покидает ударник Кайл Северн и на его место как сессионный музыкант приходит Дэйв Карлос. В этом составе группа записывает свой пятый студийный альбом под названием The Infernal Storm, который вышел 9 мая 2000 года на лейбле Relapse Records. Продюсером этого альбома. как и предыдущего стал Билл Коречки, запись проходила в студии Mars Studio в Кливленде с ноября по декабрь 1999 года, мастеринг произвёл Билл Коречки, оформлением альбома занимался Миран Ким.

В 2001 году группа расторгает контракт с лейблом Relapse Records, с которым сотрудничала все прошлые годы и перезаключила договор с Necropolis Records. В составе снова происходят изменения вместо Роба Енча позицию бас-гитариста занимает Джо Ломбард, а за ударную установку снова садится Кайл Северен. В начале 2001 года группа начинает работу над своим шестым студийным альбомом который назывался Blasphemy. Альбом был выпущен 12 июня 2002 года на лейбле Necropolis Records. Продюсером и звукоинженером альбома стал Билл Коречки, запись альбома проходила на студии Mars Studio в Кливленде с июня по октябрь 2001 года, мастеринг был произведён на студии West West Side Studio, оформлением альбома занимался Пауль Ледней.