Определяясь с оригинальным стилем и будучи поклонниками Commodore 64, они остановились на использовании его микросхемы SID в создаваемой музыке. Данный стиль впоследствии был определен участниками, как SID Metal. В своей музыке они попытались передать резонанс, вызываемый уверенностью в себе, просвещением в жизни людей, в их способности своей жизнью управлять.

Промо: 2001—2003

Группа нашла Интернет лучшим способом достижения расширения круга слушателей, отказавшись от традиционной отсылки демонстрационных треков звукозаписывающим лейблам. В 2001 году был запущен официальный сайт, предоставляющий девять бесплатных композиций.

Machinae Supremacy попытались достучаться до сообщества Commodore 64, в попытке собрать больше поклонников. В этот период был выпущен трек The Great Gianna Sisters, ремикс заглавной темы одноимённой игры, написанный Крисом Халсбеком. Размещение этого трека на различных сайтах, посвященных ремиксам игровой музыки Commodore 64, принесло группе первый успех, увеличенный впоследствии серией Sidology. В то же время Machinae Supremacy впервые выступили за границей, в ночном клубе в Сохо, в рамках Back In Time Live.

В течение 2001 года Стьярнстром и Хеллмер вместе со своим другом Томи Тауряйненом образовали краткосрочный панк-рок проект FLAK. С целью обозначения своей политической позиции, было выпущено всего три трека, часть которых впоследствии оказала влияние на творчество Machinae Supremacy.

В 2002 году Тобби покинул группу и был заменен Томасом Нильсеном, выступавшим с Робертом в Garden Of Concrete, и бывшим его давним товарищем. В течение следующих нескольких лет они выпустили 25 бесплатных треков — порядка двух альбомов достойного материала — перед тем, как начали работать над своим первым студийным альбомом.

Deus Ex Machinae: 2004—2005

В мае 2004 года группа анонсировала выход своего первого коммерческого альбома Deus Ex Machinae при участии Music By Design Records (MbD). Первый тысячный тираж альбома разошёлся в течение года, что привело к выпуску второго тиража в 2005 году. Вскоре после его релиза, MbD прекратила продажи и Machinae Supremacy остались без звукозаписывающего лейбла для находившегося в разработке следующего альбома. Этот альбом не увидел свет вплоть до 2006 года.

В течение 2004 года группа приняла участие в ряде сторонних проектов. Они работали над саундтреком к игре Jets'n'Guns, выпускаемой RakeInGrass. Данный саундтрек был выложен для бесплатного скачивания 4 декабря 2004 года. В то же время три их трека были включены в серию музыкальных игр In the Groove: Hybrid, Bouff, и Cryosleep.

2005 год выдался относительно тихим — группа сфокусировались на завершении второго альбома и поиске его издателя. Трек Ghost (Beneath The Surface) был выпущен, как исключенный из будущего альбома и был весьма хорошо встречен слушателями. Далее группа сотрудничала с немецким игровым изданием GameStar и выпустила два трека: Loot Burn Rape Kill Repeat (25 июня, для WoW special) и Multiball (20 ноября, для Battlefield2 special).

Позже, в этом же году, Хеллмер переехал из Лулео, и не смог далее участвовать в группе. Он был заменен Йоханом Паловаара.

Redeemer: 2006—2007

В начале 2006 года, а именно 9 января, группа, окончательно завершая серию Sidology, выпустила трек Sidology Episode II — Trinity. Кроме того, была анонсирована дочерняя компания Hubnester Industries занимающаяся саундтреками.

2006 год явился поворотной точкой в истории Machinae Supremacy, он был отмечен независимым выпуском 18 марта второго коммерческого альбома группы — Redeemer, который распространялся через их собственный сайт. Однако позднее, 27 сентября, было объявлено о подписании контракта со Spinefarm Records.