В 1958 году Маллигэн выступил на классическом фестивале «Sound of Jazz» и написал музыку к фильмам «I Want to Live» и «The Subterraneans». В течение 1960-64 гг. Маллигэн возглавлял свой оркестр «Concert Jazz Band», который давал ему возможность писать музыку, играть на саксофоне и иногда — на фортепиано. Оркестр на то время включал Боба Брукмейера, Симса, Кларка Терри и Мела Льюиса (Brookmeyer, Sims, Clark Terry, Mel Lewis). Маллигэн стал несколько менее активным после того, как биг-бэнд распался, но он продолжал интенсивно гастролировать с квартетом Дейва Брубека (Dave Brubeck Quartet) (1968-72 гг.), некоторое время играл на сопрано-саксофоне, возглавлял в середине 70-х секстет, который включал вибрафониста Дейва Сэмюэлса (Dave Samuels), и в 1968 году импровизировал совместно на записи со Скоттом Хэмилтоном (Scott Hamilton).

Оркестровые работы

Джерри Маллиган, как и многие джазовые музыкантов того времени, иногда записывался со струнными. Известные записи включают: в 1957 с String Jazz Quartet Винни Берка, в 1959 году альбом с оркестром Андре Превина и в 1965-м альбом квинтета Джерри Маллиган и струнных. В 1974 году Маллиган сотрудничал со знаменитым аргентинским музыкантом Астором Пьяццоллой. Во время записи сессий в Милане, Джерри встретил свою будущую жену, графиню Франка Рота Борджини Балдовинетти, фотожурналистку и внештатного корреспондента. В 1975 году Маллиган записала струнный альбом с итальянским композитором Энрико Интра.

Более серьезные работы Маллигана с оркестром начались в мае 1970 года с исполнением оратории Дейва Брубека The Light in the Wilderness с Эрихом Кунцелем и Cincinnati Symphony.

В 1970-х и 1980-х годов, Маллиган работает над созданием и содействием репертуару баритон-саксофона для оркестра. В 1973 году Маллиган поручил композитору Франку Прото написать Saxophone Concerto для премьеры Cincinnati Symphony. В 1977 году Канадская радиовещательная корпорация заказала Гарри Фридману написать саксофонный концерт Celebration, который был проведен Маллиганом с CBC Symphony. В 1982 году Zubin Mehta пригласил Джерри Маллигана в нью-йоркскую филармонию исполнить партию сопрано-саксофона в «Болеро» Равеля.

В 1984 году Джерри поручил Гарри Фридману написать The Sax Chronicles с аранжировками некоторых мелодий Маллигана в стилизации. В апреле того же года, Маллиган был солистом New American Orchestra в Лос-Анджелесе на премьере Spring Wings Патрика Уильямса.

В июне 1984 г. Маллиган завершил и исполнил свою первую оркестровку Entente for Baritone Saxophone and Orchestra вместе с Filarmonia Venetia. В октябре Джерри исполнил Entente и The Sax Chronicles с Лондонским симфоническим оркестром.

В 1987 году Маллиган адаптировал K-4 Pacific (по своей записи биг-бенда в 1971 Age of Steam) для квартета с оркестром и исполнил Entente с Израильским филармоническим оркестром в Тель-Авиве, дирижировал Зубин Мета. Оркестровые выступления Маллигана в то время также включали Хьюстонский симфонический, филармония Стокгольм и Нью-Йоркская филармония.

1988 г. премьера Octet for Sea Cliff Маллигана по заказу артистов Sea Cliff. В 1991 году Concordia Orchestra исполнил премьеру Momo's Clock, работу для оркестра (без соло саксофона), которая была вдохновлена книгой немецкого писателя Михаэля Энде.

Позднее творчество Маллигэна

В конце 70-х Маллигэн, который всегда обожал сочинения Стравинского, Прокофьева и Бартока, играет с классическими симфоническими оркестрами, в 80-е появляется на европейских джазовых фестивалях в компании Лайонела Хэмптона, Ли Коница и Эллы Фицджеральд.

Незадого до смерти концертировал во Франции с 87-летним скрипачом Стефаном Грапелли.