С этого времени группа стала выпускать альбомы не так часто, но тем не менее регулярно — раз в три года (при этом коллекционные издания альбомов стали сопровождаться дополнительным диском с бисайдами к альбомным синглам и ремиксами на песни). В ноябре-декабре 1994 года группа отправилась на гастроли в Австралию и Латинскую Америку, после чего не выходила на сцену три года.

В 1996 году вышел проникнутый латинскими ритмами Bilingual (три хит-сингла «Before», «Se A Vida E» и «A Red Letter Day»), в 1999 — «Nightlife» (синглы «New York City Boy», «I Don’t Know What You Want But I Can’t Give It Anymore» и «You Only Tell Me You Love Me When You’re Drunk») — все они пользовались стабильным успехом, хотя ничего принципиально нового для музыки Pet Shop Boys не содержали. С 5 по 21 июня 1997 года Pet Shop Boys выступали в лондонском театре Savoy, став первой поп-группой, выступившей в этом заведении. Записи с этих выступлений вошли в видеоконцерт «Somewhere». В феврале и марте 1998 года группа впервые выступила в России, дав один концерт в Москве и два в Санкт-Петербурге.

С октября 1999 года по июль 2000 года группа с перерывами гастролировала по миру (США, Канада, Германия, Нидерланды, Чехия, Испания, Израиль, Греция, Япония, Эстония, Литва, Латвия, Австрия, Швеция, Норвегия, Дания, Бельгия). Это турне получило название Nightlife Tour и запись концерта с этих гастролей вышла на видеокассетах, а потом и на DVD.

В мае 2001 года состоялась премьера мюзикла «Closer to Heaven», для которого Pet Shop Boys написали музыку. Диск с мюзиклом вышел в свет в октябре 2001.

2002—2006

В мае 2002 года Pet Shop Boys удивили своих поклонников, выпустив электро-акустический альбом Release, порвавший с типичным синти-поповым звучанием и вызывавший желание провести параллели с Behaviour (и на том и на другом на гитаре играл Джонни Марр. Символом «опрощения» стал видеоклип с их первого сингла «Home and Dry», в котором малоподвижной любительской камерой было засняты мыши в лондонском метро. С раскруткой альбома группа отправилась в мировое турне, проходившее с мая по август 2002 года (Release Tour или University Tour). Далее последовали ещё два сингла («I Get Along» и «London»); релиз последнего состоялся только в Германии.

В 2003 году вышла очередная пластинка из серии «Disco» — Disco 3, на котором помимо ремиксов были записаны некоторые новые композиции («Time In My Hands», «Positive Role Model» и др.). В том же году состоялся релиз сборника хитов PopArt. На нём также были две новых песни — «Miracles» и «Flamboyant». В течение 2004 года группа выступала в рамках различных фестивалей в Европе и Латинской Америке, а в 2005 году получила награду «Ivor Novello Award» за песню «West End Girls», как за лучшую композицию в период с 1985 по 1994 годы.

В сентябре 2004 года состоялся бесплатный концерт на Трафальгарской Площади в Лондоне, на котором совместно с Дрезденским Симфоническим Оркестром, Pet Shop Boys представили свой «саундтрек» к немому фильму 1925 года "Броненосец «Потёмкин». Затем был дан ещё один концерт — в Германии, а через год саундтрек вышел на пластинке Battleship Potemkin, которая была выпущена под собственными именами участников группы.

2006 год Pet Shop Boys начали с ремикса на хит Мадонны «Sorry», а в мае того же года вышел девятый студийный альбом группы Fundamental, ознаменовавший возврат коллектива в прежний танцевальный формат. Выполненный в мрачных тонах, он был посвящён двум иранским гомосексуалистам2009, казнённым за свою сексуальную ориентацию. Группа отправилась в новое мировое турне по Европе и Америке, проходившее с перерывами с июня 2006 по ноябрь 2007 года. В конце 2006 года вышла их книга «Catalogue» — комментированная Теннантом и Лоу антология творчества коллектива, — за которой последовал первый документально-биографический фильм о карьере группы «A Life in Pop».