В 1999 году, зимой, «Пурген» записал альбом «Токсидермисты Городского Безумия» в следующем составе: Пурген - вокал, гитара; Крейзи - бас-гитара, бэк-вокал; Сергей "Бай" Байбаков - барабаны. Через два года "Токсидермисты..." станут первым альбомом группы, выпущенным на компакт-диске. В 2001 году басистом становится Денис "Мартин" Ушаков, лидер группы "Мавзолей".

В 2002 году в группу приходит молодой гитарист Олег "Диаген" Соболев, который играет в группе по сей день. Тем временем, Руслан работал над своим новым киберпанк-проектом «Toxigen» и 28 июля 2002 года выпустил альбом электронной музыки «Саrmaoke».

В 2003 году лейблом JetNoise Records был выпущен долгожданный альбом «Destroy for Creation», по звучанию серьезно тяготевший к хардкору, а 23 октября 2003 года в клубе «Relax» в Москве состоялась его презентация. Помимо этого, были переизданы первые пять официальных альбомов группы, которые были оцифрованы и дополнены бонус-треками и видеоклипами.

Из группы уходит "Мартин" Ушаков, на басу поочередно играют Крейзи и ВиВиСектор, затем в середине 2004 года из «Пурген» ушли ВиВиСектор и Бай, а их заменили — ранее игравший на басу Крейзи и новый барабанщик — Крок. Летом, 11 июля, живьём, за 15 часов, был записан альбом-сборник лучших песен ранее выходивших на других альбомах и одна новая песня под названием «Реинкарнация». Этот альбом получил название «Протест Деталей Механизма». Его презентация прошла 29 октября в Питере в клубе «Старый Дом» и 30 октября в Москве в клубе Эстакада. Альбом отличается хорошим панк-хардкор звучанием и удачными аранжировками старых песен, и среди многих поклонников группы считается последним удачным альбомом. Затем после тура в поддержку альбома из группы снова уходит Крейзи, а на его место приходит Платон, тем самым образовывается постоянный состав, который продержится два года: Руслан «Purgen» — вокал, Диаген — Гитара, бэк-вокал, Платон — Бас, Крок — Ударные.

В конце 2005 года группа записывает альбом «Реинкарнация», презентация которого проходит 1 октября 2005 г. в клубе «Эстакада». Он сильно отличается от остальных, не только по музыкальной составляющей, но и по содержанию песен, их основная темы это религия, прогресс и человек. Также в этом же году выходит трибьют группы «Пурген» в честь 15-летия группы — в него вошёл 31 трек.

В 2006 году на DVD выходит фильм «11 лет немого крика», который состоит из клипов и видеозаписей с выступлений группы. Также на Atmosfera film снимают 7 новых клипов на песни с альбома «Реинкарнация».

15 февраля 2007 года проходит презентация очередного нового альбома под названием «Трансформация Идеалов», но его релиз состоялся чуть позже — 2 апреля 2007 г. Большинство фанатов восприняло его негативно. А летом выходит DVD с новыми клипами на песни с альбома «Реинкарация». Осенью проходит большой тур по Германии (15 городов). 27 октября 2007 г. проходит последний концерт с Кроком и Платоном, после этого в группу приходит играть Алекс — из Группы Теория Хаоса — бас и Кирилл из группы Invisible Border.

В 2008 году группа сняла в Европе 4 клипа на песни с альбома «Трансформация Идеалов», а также концертный ролик на песню «Серый Бетон» (live-выступление на фестивале «Наши В Городе»). В апреле группа отправилась в тур по Сибири и другим городам России. Осенью вышел новый альбом «30 000 лет панк хардкору», состоящий из старых, ранее не исполняемых песен, а также пары новых. В подарочной версии бонусом был концерт с телеканала O2tv.

В 2010 году вышел новый номерной альбом группы «Бог рабов». Музыка стала ещё более жесткой и качественной, тексты — ещё более радикальными. В некоторых песнях слышны народные инструменты (балалайка и др.)