Кавер-версии

Песня исполнялась на акциях в поддержку Pussy Riot, в том числе экологическим активистом Евгенией Чириковой на «судебном фестивале» 20 июня 2012 году у Таганского суда Москвы и группой сторонников Pussy Riot на акции в Екатеринбурге 23 июля 2012 года. Кавер-версии записали американская группа «Anti-Flag», а также российская группа «Барто» совместно с «Трэш-шапито КАЧ».

«Anti-Flag» — «Punk-Prayer „Virgin Mary, Put Putin Away“»

В июне 2012 года американская панк-группа «Anti-Flag» записала кавер-версию песни «Богородица, Путина прогони!» под названием «Punk-Prayer „Virgin Mary, Put Putin Away“». Музыканты записали песню в поддержку своего требования немедленно освободить Pussy Riot, которые, по их мнению, «воплощают дух панк-рока, который сообщает власти правду».

«Барто» с участием «Трэш-шапито КАЧ» — «Кісья ересь»

В июле 2012 года вышел сингл «Кісья ересь», записанный российской группой «Барто» совместно с «Трэш-шапито КАЧ». Четырёхминутная песня представляет собой кавер-версию песни Pussy Riot с некоторыми модификациями текста (например, «Богородица, дево, Путина прогони» заменено на «…Кесаря прогони»), и дополненную речитативом, в гротескной форме описывающем конфликт между руководством РПЦ и Pussy Riot: «…анафемы так и летят из-под рясы: Pussy Riot — хула основ, сжечь на костре, если хватит дров… кисья ересь — за грехи наши, дай-ка им Путин трёшечку возле параши».

Белорусская компиляция кавер-версий Pussy Riot

19 апреля 2012 года белорусский сетевой лейбл HAZE Netlabel выпустил компиляцию кавер-версий песни Pussy Riot «Богородица, Путина прогони!». В компиляции приняли участие белорусские экспериментальные проекты Fat Not Dead, Cyber Grind Robots, Kritchev vs. Ban, Ban vs Banker, Karaoke Vomit, Spit It Out и Aortha.

«Путин зажигает костры»

17 августа 2012 года, в день оглашения приговора трём участницам группы, Pussy Riot представила песню «Путин зажигает костры». Песню исполнила с балкона дома, находящегося напротив Хамовнического суда, где оглашали приговор, одна из находящихся на свободе участниц группы. В тот же день песня была опубликована на сайте британской газеты The Guardian и на YouTube. Песня была создана как ответ на приговор, и содержит слова «Путин зажигает костры революций», призыв «Свергай чекистов лучше и чаще» и заканчивается обращением к Путину «Арестуй по 6 мая весь город», «Запрети кричать, клеветать и гулять» и предложением «взять себе в жёны» батьку Лукашенко.

Захват нефтяных объектов России

В июле 2013 года мишенью видеоклипа «Как в красной тюрьме» стал президент госкомпании «Роснефть» Игорь Сечин. В ролике активистки в балаклавах, забравшись при безучастном отношении охраны на крышу фирменной АЗС, изображают захват нефтяных объектов России и поливают портрет главы корпорации чёрной субстанцией, напоминающей нефть. Съёмки клипа проходили в Москве, Казани и Мордовии. Смысл произведения, по опубликованным мнениям, состоит в протесте против зависимости России от экспорта нефти.

Дело Pussy Riot

26 февраля 2012 года в связи с «панк-молебном» (несанкционированным выступлением) «Богородица, Путина прогони!» участницы группы были объявлены в розыск по обвинению в хулиганстве.

3 марта 2012 года были арестованы Надежда Толоконникова и Мария Алёхина, а 16 марта — Екатерина Самуцевич. Международная правозащитная организация «Amnesty International» признала арестованных узницами совести. До вынесения приговора суда их содержали под стражей. Как показал июльский опрос общественного мнения Левада-Центра, большинство россиян поддержало идею наказания участниц перформанса в диапазоне от штрафа до лишения свободы, причём лишь 16 % опрошенных поддержали заключение на срок более двух лет. 14 % опрошенных не требовали для девушек никакого наказания.