Рассорившись с лейблом TVT Records, Резнор создал собственную записывающую компанию Nothing Records, на которой вышел мини-альбом Broken. Пластинка записывалась втайне, чтобы не спровоцировать конфликта с бывшими работодателями.

Мини-альбом Broken, который сам Резнор называл «одним большим сгутком злости», оказался даже мрачнее предшественника. Журнал Kerrang! назвал его «…запредельно нездоровым для мозга» (absolutely mind-fuckingly disquieting stuff). Но даже его музыкальное содержание выглядело безобидно в сравнении с видеоклипами. «Happiness in Slavery» с участием перформанс-артиста Боба Фланагана оказался запрещен к показу на MTV. В клипе «Gave Up» снялся тогда ещё неизвестный Мэрилин Мэнсон, незадолго до этого выпустивший на лейбле Резнора дебютный альбом Portrait of an American Family.

В 1993 году Трент Резнор переехал в Лос-Анджелес в дом 10050 Cielo Drive, тот самый, в котором от рук банды Чарльза Мэнсона погибла беременная жена Романа Полански актриса Шэрон Тейт. Резнор утверждал, что ничего не знал об истории дома. Здесь был создан The Downward Spiral, альбом (согласно Kerrang!) «с одной стороны подчиненный темам секса и наркотиков, с другой — расширивший мировоззрение автора и обогативший ландшафты его творческой личности». Альбом получил высочайшие оценки критиков и, став платиновым, вывел индастриал рок в мейнстрим. Не менее впечатляющим было последовавшее затем мировое турне.

Затем Резнор переехал в Новый Орлеан и здесь, в доме, где располагалось прежде похоронное бюро, отстроил себе новую студию (одним из первых её опробовал Мэнсон, записав альбом Antichrist Superstar). Но в это же время стало ясно, что образ жизни Резнора стал оказывать негативное влияние на его творчество.

Альбом имел большой успех — равно как и саундтрек к фильму Дэвида Линча «Шоссе в никуда» (вторая его работа для кино после «Прирождённые убийцы» Оливера Стоуна).

В 1997 году Резнор прекратил какие либо отношения с Мэрилин Мэнсоном. В те же дни он тяжело переживал утрату: смерть бабушки, которая воспитала его. «Каждый день происходило что-то страшное, но я продолжал функционировать. Тогда я не осознавал этого, но начинался период очень напряженной внутренней борьбы», — говорил Резнор в интервью 2005 года.

В таком состоянии Трент Резнор в своей нью-орлеанской студии начал работу над альбомом The Fragile. «Приступая к работе, я чувствовал себя так, словно остался единственным человеком на земле», — говорил он. Музыкант вспоминал, что работа началась для него с ощущения полной духовной опустошённости: он часами сидел перед фортепиано, не в силах произвести ни звука. В ходе психотерапии авторский «блок» был снят и песни стали появляться одна за другой. Тем не менее, как отмечает журнал Kerrang!, «… это было произведение человека, который отвернулся от внешнего мира». Резнор признавался, что время от времени включал MTV, но только для того, чтобы «напомнить себе, чего не нужно делать». В интервью журналу «Time» он говорил: «Я был как крыса в клетке. Находился во власти зависимости, но не мог заставить себя в этом признаться. Мной властвовал страх. Было ощущение, что сказать больше нечего. Никогда не хотел бы ещё раз сделать подобный альбом».

Альбом The Fragile 1999 года в целом был встречен критикой неоднозначно. Успеха предыдущих пластинок он повторить не смог. «Этой пластинкой я очень гордился. Но продавалась она хуже, чем я, да и рекорд-компания тоже, надеялись, поэтому можно назвать её неудачей», — позже признавался Резнор. При этом альбом стал для автора «спасительной гаванью». После него Резнор по его собственным словам, «снова мог посмотреть в зеркало и себя самого не устыдиться». «Есть ещё ощущение одиночества, недосказанности, страх одиночества, но я снова начинаю узнавать <в музыке> себя самого», — говорил он. О годах депрессии он говорил