В феврале 2006 года происходит смена состава. Из-за творческих разногласий группу покидает барабанщик Никита, его место занимает Филипп «Phil» Терпецкий, известный по работе со многими брутальными командами Санкт-Петербурга. В это же время к группе присоединился ещё один участник — Андрей «Duke» Анисимов, одна из самых уникальных личностей Stigmata. Пройдя прослушивание, он быстро влился в коллектив и стал сочинять много нового материала.

Stigmata / A&D (2006—2008)

В декабре 2006 Stigmata записывает сингл «Лёд», который положил начало новой истории в карьере музыкантов. Сингл сразу же занимает лидирующие позиции во всех альтернативных хит-парадах. Снимается клип на эту композицию, а песня выигрывает в ежегодной премии «St. Petersburg Alternative Music Awards 2007» в номинации «песня года».

В 2007 году группе поступает предложение о разогреве на концертах групп Killswitch Engage и Caliban в России. Летом Stigmata делит сцену крупнейшего российского рок-фестиваля «Крылья» с такими звёздами как Алиса, Pleymo, Natalie Imbruglia.

В преддверии нового альбома группа выпускает второй сингл под названием Сентябрь. Клип на эту песню становится самым заказываемым на альтернативных телеканалах в период осени 2007 года.

После большого репетиционного периода группа наработала материал в 20 песен. Отобрав из них 11, участники Stigmata углубились в процесс записи, растянувшийся на 6 недель.

Осенью 2007 года к группе проявляет интерес крупнейший лейбл рок-музыки в России «Navigator Records». Stigmata подписывает контракт о выходе своего третьего по счёту,одноимённого альбома. Зимой происходит смена барабанщика, новым участником становится молодой и энергичный Feudor, известный по работе с московской группой Rashamba.

Материал и качество одноимённой пластинки (Stigmata, 2007) закрепили уже приобретённый успех. Альбом разошёлся большим тиражом, собрав максимум положительных отзывов и рекордное количество скачиваний в Интернете. Тур «На крыльях ветров» (2007) в поддержку альбома по городам России, Украины, Белоруссии, Эстонии, Латвии стал одним из самых широкомасштабных в истории русской альтернативы.

В начале 2008 года прошёл ещё более масштабный тур «Stigmata: Acoustic & Drive Tour», который охватил множество самых дальних городов России. В рамках этого тура был дан концерт в клубе «Порт» в Санкт-Петербурге, который был отснят и выпущен в сентябре того же года в качестве нового DVD группы Acoustic & Drive.

Мой путь (2009 — 2011)

В январе 2009, начиная с 10 числа, на официальном сайте группы посредством СМС-оплаты можно было купить песни с сингла «Взлёт и Падение». При этом на CD сам сингл не издан до сих пор. Клип на заглавную песню сингла вышел 23 февраля 2009 года, то есть с задержкой от обещанной даты на 12 дней. По словам официальных представителей группы, задержка произошла в связи с недобросовестностью выполнения фирмой, работавшей над клипом, своих обязанностей. Позже выходит так называемая «Happy End»-версия клипа.

Летом группу Stigmata покидает гитарист Duke, его место занимает Артём Теплинский из Horizon 8.

13 сентября 2009 года в ГлавClub’е состоялась презентация нового альбома группы Stigmata и премьера клипа на заглавную песню «Мой путь». Все песни с этого альбома с разной периодичностью в течение полугода выкладывались самой группой в интернет. Полностью альбом стал доступен лишь 1 февраля 2010. На CD-носителях альбом издан небольшим тиражом и доступен в продаже только на концертах группы.