Уже во время записи альбома между группой и J-Swift’ом начались конфликты, которые доходили до драк. В итоге в результате многочисленных стрессов J-Swift впал в кокаиновую зависимость, из которой продюсер до сих пор пытается выбраться. В документальном фильме 1 More Hit, снятом в 2007 г., были отображены попытки J-swift’а избавиться от зависимости и вновь вернуться к своей музыкальной карьере.

В 1994 году некоторые композиции The Pharcyde появились на сборнике Stolen Moments: Red Hot + Cool, выпущенном организацией Red Hot Organisation. Альбом, чьей целью было призвать внимание к проблеме СПИДа в афроамериканском обществе и собрать средства для борьбы с этой проблемой, позже получил награду «Альбом Года» журнала Time Magazine.

Второй альбом

В 1995 году The Pharcyde выпустили свой второй альбом, Labcabincalifornia. Альбом получил смешанные оценки критиков, в основном вызванные тем, что группа изменила своему весёлому и лёгкому стилю, который был поставлен в её дебютном альбоме. Тем не менее, в альбоме присутствовал хит «Runnin’», который смог достичь 55 места в Billboard Hot 100. Позже этот сингл присутствовал в фильме Восьмая миля, а также на альбоме More Music from 8 Mile — сборнике композиций, присутствующих в фильме. Вместе с группой над Labcabincalifornia работали продюсеры J Dilla и Diamond D. Второй альбом был воспринят хуже, чем дебютная запись, и так и не смог достичь золотого статуса. После его записи группа сняла известный клип на песню «Drop», срежиссированный Спайком Джонзом.

После окончания работы над альбомом между Fatlip’ом и другими членами группы начали складываться разногласия, которые привели к его уходу из группы. Тем не менее, из интервью с режиссёром некоторых клипов группы Спайком Джонзом, которое было предоставлено в качестве бонуса на DVD-версии сольного альбома Fatlip’а, можно было почерпнуть то, что когда группа уже выступала без ушедшего члена команды, она всё ещё оказывала поддержку исполнителю, объясняя это тем, что «если они помогут Fatlip’у в его сольной карьере, то они также помогут и себе, и наоборот».

1997—2000

В промежутке между 1997 и 1999 годом группа пропала из виду. В 2000 году три оставшихся члена группы вернулись с мини-альбомом Chapter One: Testing The Waters.

Позже в 2000 году коллектив выпустил полноценный студийный альбом под названием Plain Rap. Он был с равнодушием встречен и критиками, и слушателями.

Спустя некоторое время после выхода альбома Slimkid3, который к тому времени избавился от псевдонима и решил называться своим настоящим именем (Тре Хэрдсон), вышел из состава группы, чтобы приступить к сольной карьере. В 2002 году он выпустил свой первый сольный альбом Liberation.

В клипе на песню «Trust», присутствующую в альбоме Plain Rap, группа иронично отослалась на уход из коллектива Fatlip’а — в нём бывший член группы был отображён под видом грустного клоуна, постоянно подвергающегося избиениям со стороны других персонажей клипа. Персонаж Тре Хэрдсона же в клипе превратился в феникса, который улетает сразу после того, как заканчивает свой куплет, что отображает его уход от двух оставшихся членов группы.

2001—2004: Humboldt Beginnings

Несмотря на то, что от оригинального состава ушли два члена группы, Bootie Brown и Imani решили не избавляться от своего первоначального названия и взялись за работу над альбомом Humboldt Beginnings, который был выпущен в 2004 году. Альбом был принят ещё хуже и холоднее, чем их третья запись. В нём были предоставлены новые члены группы — Schmooche Cat и Spaceboy Boogie X, второй одновременно стал продюсером группы.