Неспокойные времена

В октябре 1995 незадолго до окончания тура уходит Михаэль Шенкер. Из-за юридических обязательств остальные музыканты не могут продолжать выступления и группа временно прекращает существование. Фил Могг и Пит Уэй объединившись с гитаристом Джорджем Белласом, барабанщиком Эйнсли Данбаром и клавишником Мэттом Гиллори выпускают альбом Edge of the World под вывеской Mogg/Way.

Шенкер возвращается в 1997 и группа продолжает выступления в том же составе. Но вскоре происходят новые неприятности. 24 апреля 1998 года во время концерта в городе Осака, Шенкер разбивает свою гитару и уходит со сцены, сказав, что не может больше играть. Группе приходится вернуть деньги зрителям деньги за билеты. Пол Рэймонд называет поступок Шенкера непростительным и непрофессиональным, и считает, что он нанес большой ущерб репутации группы. Также он отказывается выступать вместе с Шенкером в будущем.

Группа вновь берет перерыв. 21 сентября 1999 года Mogg/Way выпускают еще один альбом Chocolate Box. Новое тысячелетие начинается с возвращения Михаэля Шенкера. Группа сокращается до квартета, а барабанщиком становится уже игравший с Моггом и Уэем Эйнсли Данбар. UFO начинают записывать очередной альбом. В качестве продюсера с группой работает Mike Varney, известный по своей работе с множеством разнообразных групп. Альбом, получивший название Covenant, выходит в июле 2000 года, на лейбле Shrapnel Records. Но, как и альбом Walk on Water, он попадает только в японский чарт и добирается в нем до 60 места. Перед последующим туром Данбара меняет Джефф Мартин, а ритм-гитарист и клавишник Луис Малдонадо становится пятым участником.

20 августа 2002 года на лейбле Shrapnel Records, выходит альбом Sharks. Как и его предшественник, альбом спродюсировал Майк Варни. В январе 2003, во время гастролей в поддержку альбома происходит очередной неприятный инцидент, связанный с Шенкером. На этот раз гитарист срывает выступление группы в Манчестере.

В этот раз он покидает группу навсегда и отказывается от всех юридических прав на название.

Новый гитарист — Винни Мур

18 июля 2003 года UFO объявляют имя нового гитариста, им становится американец Винни Мур. В группу возвращается Пол Рэймонд, а барабанщиком становится Джейсон Бонэм. Музыканты начинают запись альбома с продюсером Томми Ньютоном. Семнадцатый студийный альбом группы, названный You Are Here, вышел в свет 16 марта 2004 года, на немецком независимом лейбле Steamhammer. Альбом, как и предыдущие релизы не попадает в британские и американские чарты.

29 сентября 2005 года в группу возвращается один из ее основателей, барабанщик Энди Паркер. Таким образом в составе UFO играют четверо из пяти музыкантов классического состава конца 70-х годов. В ноябре 2005 года выходит концертный альбом Showtime, выпущенный в двух вариантах: 2 CD и 2 DVD. Альбом запечатлел выступление группы в немецком городе Вильгельмсхафен 13 мая 2005 года.

В сентябре 2006 выходит очередной альбом группы под названием The Monkey Puzzle. Стиль музыки на альбоме претерпел некоторые изменения по сравнению с предыдущими записями. Так, кроме типичной для UFO смеси хард-рока и хэви-метала, на альбоме есть также элементы блюз-рока. Оставшуюся часть года группа проводит в туре в поддержку нового альбома. В начале следующего года случается неприятность с Энди Паркером, который подскользнулся и сломал лодыжку. Поэтому в начале тура, который стартовал 1 марта 2007 года Паркера подменял старый знакомый группы Саймон Райт. В ходе данных гастролей группа посещает Россию, дав концерты в Калининграде, Москве, Екатеринбурге, Уфе, Волгограде и Санкт-Петербурге.