Судьбоносный случай, заставивший Ньютона задуматься о переменах в жизни, произошёл в один из многочисленных рейсов по Атлантическому океану. В марте 1748 года его судно попало в сильный шторм. Ньютон вышел на палубу, и один из членов его команды буквально через секунду после того, как получил от него приказ, был смыт за борт. За минуты до случившегося, Ньютон успел произнести: «Если этого не случится, Бог помилует нас!» («If this will not do, then Lord have mercy upon us!») Команда корабля отчаянно сражалась за жизнь, но шторм не утихал. Оказавшись на краю гибели, Ньютон впервые начал молиться. Он задумался о том, что за жизнь, которую он вёл на протяжении этих лет, он вряд ли заслуживает прощения. Но, тем не менее, корабль чудом спасся, и Ньютон понял, что это был знак свыше. Спустя часы после случившегося опустошённые моряки и Ньютон возвратились на палубу, где пробыли в течение следующих одиннадцати часов. Всё это время Ньютон обдумывал сказанные слова. На следующее утро, когда шторм утих, Джон Ньютон убедился в существовании Бога, который слышит и отвечает на молитвы. Он заново обнаружил Божью любовь, выраженную в Писании: «Ибо так возлюбил Бог мир, что отдал Сына Своего Единородного, дабы всякий верующий в Него, не погиб, но имел жизнь вечную. Ибо не послал Бог Сына Своего в мир, чтобы судить мир, но чтобы мир спасён был чрез Него» (Иоанна 3:16—17). Интересно, что приблизительно за несколько недель до катастрофы, Ньютон был занят чтением книги «Образец христианина», основанной на трактате XV века — «О подражании Христу» Фомы Кемпийского. Две недели спустя разрушенное судно и голодающая команда высадились в бухте Лу-Суилли, на северной оконечности Ирландии. Ньютона долгое время не покидали воспоминания о случившемся и сказанных словах. Именно с этого момента он начал задавать самому себе вопрос о том, был ли он действительно достоин милосердия Бога, или произошедшее было всего лишь закономерностью судьбы. Ньютон осознавал, что не только пренебрёг своей верой, но и всё это время поддерживал тех, кто открыто высмеивал Бога, называя его существование мифом. Позднее он писал: «Тот день, 10 марта, очень памятный день для меня и который я никогда не забуду, стал днём моего спасения из воды».

Как и многие молодые люди, Ньютон начал обращаться к вере и менять свои привычки лишь в зрелые годы жизни. В молодости он привык осуждать свою веру, находясь под влиянием своего товарища по плаванию, предложившему Ньютону обсудить книгу английского писателя Энтони Эшли Купера Шефтсбери — «Характеристики людей, манер, мнений и времён». После прочтения книги Джон Ньютон писал:

Вернувшись на родину, Джон связался с семьёй Полли и объявил им о своём намерении жениться на ней. Родители девушки долгое время сомневались, зная, что Ньютон зарекомендовал себя с отрицательной стороны. В обществе его знали как человека ненадёжного и порывистого, но тем не менее родители девушки позволили ему писать Полли. Вскоре после этого Джон дезертировал и отправился в Африку. Со временем он присоединился к португальскому торговцу рабами, в доме которого с ним обращались, как с невольником. Жена торговца выражала своё презрение к Джону тем, что бросала ему пищу прямо на пол, и во время еды он должен был становиться на четвереньки как животное. Отнюдь не образцовая манера поведения Ньютона привела к тому, что вскоре его переправили на Британский военно-морской флот. И он использовал эту возможность в своих интересах. Спустя недолгое время Джон бежал с флота, решив нанести визит давней подруге семьи Мэри «Полли» Кэтлетт, в которую был влюблён. Однако очень вскоре Ньютон был пойман и беспощадно выпорот. В тот период его мысли колебались между совершением убийства и самоубийством.