Вскоре Агурский знакомится с самим Андреем Сахаровым, Роем Медведевым, Юрием Орловым, Валерием Чалидзе, Александром Солженицыным. По инициативе последнего он пишет статью «Современные общественно-экономические системы и их перспективы» для сборника статей «Из-под глыб». Сборник был посвящён вопросам духовной и общественной жизни того времени — новые «Вехи», по выражению Солженицына. Сборник этот со статьями Игоря Шафаревича, Феликса Светова, Евгения Барабанова, Вадима Борисова, Михаила Поливанова, самого Солженицына и под его редакцией вышел в самиздате в Москве в 1974 году. В этом же году издательство YMCA-Press выпустило книгу в Париже.

Книга составила собой эпоху в советском инакомыслии. Агурский был единственным автором-сионистом среди остальных участников издания. Как говорил об Агурском А. И. Солженицын на пресс-конференции в Цюрихе в ноябре 1974 года, посвящённой выходу сборника:

Его объединяет с группой русских авторов в первую очередь то большое значение, которое все они — вот, соавторы — придают национальному самосознанию.

По мнению исследователя Аркадия Блюмбаума статья Агурского ныне не является актуальной, поскольку она:

… представляла собой достаточно утопический общественный проект — попытку снять противоречия между «капитализмом» и «социализмом». В результате Агурский выстроил почти тоталитарную конструкцию, предполагающую отказ от системы политических партий, введение цензуры, ограничение доступа к информации, устранение — в духе левых концепций — различий между физическим и умственным трудом и т. п.

Нашумевшая книга, по-видимому, ускорила давно желанный для Агурского выезд в Израиль в 1975 году. Перед отъездом в Израиль весной 1975 года Агурский в интервью «The Jerusalem Post» оптимистично заявил:

Я уезжаю из России не как её враг, а как истинный друг, которого волнует её настоящее и будущее. Я старался сделать всё возможное для сотрудничества между русским и еврейским национальными движениями. Эти усилия, по-видимому, были достаточно успешными, чтобы позволить мне надеяться на будущую дружбу Израиля и возрождённой России

Как бы в подтверждение его слов накануне перед отъездом в апреле 1975 года проводить Агурского приехали самые разные люди: Эрнст Неизвестный, Рой Медведев, Александр Гинзбург, Игорь Шафаревич, Леонид Бородин, Юрий Орлов, Владимир Войнович, Валентин Турчин, Пётр Якир, Геннадий Шиманов, Александр Мень, Юрий Иванов и другие.

Агурский в Израиле

Последние 16 лет своей жизни Агурский провёл в Израиле. Но большинство из написанного им в это время так или иначе обращено к Советскому Союзу. В 1976 году Агурский становится сотрудником Иерусалимского университета. Он публикует многочисленные статьи на религиозные, национальные, социально-политические и историко-культурные темы в различных средствах массовой информации. В 1979 году (по иным данным в 1983 году) Михаил Агурский во Франции защищает докторскую диссертацию в университете Сорбонны. Получив степень доктора славистики, стал профессором Еврейского университета. Тема диссертации: «Национальные корни Советской власти», она была издана в Париже на русском языке в 1980 году в виде книги «Идеология национал-большевизма».

Впоследствии Агурский читал лекции, готовил рекомендации для правительства Израиля в качестве политолога, работал политкомментатором на телевидении. В частности, Агурский утверждал, что военных ресурсов Советского Союза недостаточно для ведения крупномасштабной наступательной войны, что спровоцировало в Израиле упрёки Агурского в том, будто он является агентом КГБ. Агурский также состоял членом Центрального комитета израильской Партии Труда.