Большинство героев повестей или романов А. Бушкова, в особенности герои Шантарского цикла — люди сильные, наделенные мощнейшей волей и ментальностью. Они постоянно попадают в различные проблемные ситуации критического характера, находясь на грани между жизнью и смертью, но благодаря специальной подготовке, обычно полученной на военной службе, а также исключительной вере в себя, собственную силу духа им удается пройти все испытания судьбы и победить врагов.

Базовый сюжет, постоянно повторяющийся в боевиках и фантастических книгах Бушкова — боевой поход (выполнение миссии, отход после миссии или бегство от сильного врага), который выполняет главный герой или небольшой сплочённый отряд под его предводительством. В фантастике автор отдаёт дань апокалиптике и постапокалиптике; начиная уже с «Анастасии» в его книгах регулярно встречаются описания миров, являющихся наследниками некогда погибшей высокоразвитой цивилизации.

Публицистика. Взгляды на исторические и биологические темы

Цикл произведений А. Бушкова под названием «Россия, которой не было» посвящён ревизии принятых в исторической науке концепций; к достижениям профессиональных историков он относится последовательно скептически и предлагает свою трактовку исторических событий (в ранних работах ряд его выводов соприкасается с выводами Анатолия Фоменко: тезис о тождестве Руси и Орды, русских князей и татарских ханов; в более поздних работах он от них отказался, и подвергает критике концепцию самого А. Т. Фоменко). Публицистические исследования Бушкова зачастую являются всего лишь популяризацией идей других авторов.

От имени Бушкова издаётся также серия «Александр Бушков. Загадки истории», в которой печатаются авторы, излагающие «нетрадиционный» взгляд на исторические события.

Бушков критикует «интеллигенцию», считая что именно от этой категории людей на протяжении XIX—XX веков исходили наибольшие беды для России. Ему принадлежат слова: «Когда мы в России будем жить хорошо? Когда вся интеллигенция вымрет, пить начнем по графику, а всё остальное время работать как следует, а не как захочется».

А. Бушков крайне отрицательно относится к деятельности Петра I, считая его самым деструктивным правителем России из династии Романовых, наряду с Николаем II (которого он называет «ублюдком»). А. Бушков симпатизирует Путину, что прослеживается как в книге «Дом с привидениями. Хроника мутного времени», посвященной неоднозначным событиям 1991—2000 годов, так и в последней работе автора под названием «Владимир Путин. Полковник, ставший капитаном». В ней писатель сравнивает Путина с «антикризисным менеджером», а также с кардиналом Ришелье В одном из интервью Бушков назвал Путина «отличным антикризисным управляющим»..

Книга Бушкова «Планета призраков» — попытка такого же опровержения академических теорий и в биологии, где он обрушивается с критикой на дарвинизм, обвиняя учёных-эволюционистов в сговоре, подтасовке фактов, а также ставит под сомнение их психическую нормальность. Объявляются заведомо ложными реконструкции строения тела предков людей на том основании, что в руках учёных нет ни одного полного скелета такого существа (то есть, по сути, отвергается возможность использования в антропологии аналогий и принципа актуализма вообще). Приводятся примеры замалчивания «официальной наукой» материальных свидетельств гораздо более раннего появления человека современного типа (вплоть до нахождения останков человека в ненарушенных геологических слоях возрастом в десятки и даже сотни миллионов лет) и даже репрессий «научной мафии» в отношении учёных, настаивавших на исследовании таких свидетельств. Бушков крайне отрицательно относится к академику Н. И. Вавилову, противопоставляя ему академика Т. Д. Лысенко. В данной работе Бушков прямо заявляет, что считает библейскую истории происхождения Земли и человека более убедительной, нежели эволюционную теорию, то есть, фактически, объявляет себя сторонником креационизма.