Наконец, Лопатин, познакомившись лично и сблизившись с Марксом, решается на перевод книги под непосредственным руководством автора. С августа по ноябрь 1870 года им переведено заново приблизительно одна треть книги. Очередной нелегальный приезд Лопатина в Россию вновь прерывает его работу над переводом. В Петербурге Лопатин передал неоконченные материалы Даниельсону с просьбой закончить перевод.

К маю 1871 года работа Даниельсона над переводом близится к концу, осталась непереведённой лишь первая глава в надежде, что сам автор сможет упростить её понимание читателю. Но Маркс, загруженный борьбой с бакунистами в Интернационале, откладывает намерение адаптировать первую главу русскому читателю. Тогда по просьбе Даниельсона за её перевод берётся Н. Н. Любавин, а Даниельсон сверяет его с оригиналом. То же самое сделал Любавин в отношении перевода Даниельсона. После этого Даниельсон окончательно свёл три части перевода в единое целое, и весной 1872 года в издании Н. П. Полякова выходит первый русский (и одновременно первый иностранный) перевод «Капитала».

Самостоятельная работа над переводом последующих томов «Капитала» стала смыслом жизни Даниельсона и растянулась на четверть века. На протяжении всего этого периода он вёл переписку с К. Марксом и Ф. Энгельсом, в которой затрагивал и проблемы экономического развития России. Сам Маркс, изучив русский язык ещё в 1869 году, ревниво следил за подготовкой перевода молодым русским учёным и по мере сил помогал ему. Законченный перевод первого тома был назван им «превосходным», «мастерским».

Даниельсон существенно помог Марксу с русскими источниками для работы его над вторым томом «Капитала», где Маркс намеревался детально рассмотреть «русскую форму» земельной собственности. Благодаря Даниельсону у Маркса и Энгельса появилась внушительная библиотека русских изданий по экономике, статистике, финансам, освободительному движению и т. д.

Первые русские марксисты с нетерпением ожидали выхода перевода уже второго тома. Свои услуги в качестве переводчицы предложила Энгельсу Вера Засулич, но тот ответил ей отказом, считая всё же более подходящим переводчиком Германа Лопатина. Тем не менее очередной арест Лопатина помешал осуществиться планам Энгельса, и следующий второй том «Капитала» в переводе Даниельсона вышел (после смерти Маркса) в декабре 1885 года вслед за выходом оригинала в Германии в июле. Третий том опубликован Даниельсоном в 1896 году после смерти Энгельса. (Энгельс издал его в Германии в 1894 году). В 1898 году Даниельсон выпускает второе и третье издание первого тома «Капитала». Качество нового перевода первого тома «Капитала» вызвало единственное возражение в 1908 году А. С. Изгоева.

О выходе третьего тома «Капитала» существует следующая легенда:

«Он лежал в цензуре целый год, и все старания переводчика (Даниельсон — Николай—он) не приводили ни к чему. Вдруг Соловьёв (начальник цензуры) получает бумагу из жандармского ведомства, где последнее пишет, что, узнав о готовящемся выходе в свет III тома „Капитала“, оно считает нужным предупредить, что это книга опасная, что её находят у всех арестованных и т. д. Соловьёв рассвирепел: „Учить меня хотят?! Выпустить книгу!“, и III том был выпущен».

Расцвет издательской деятельности

Помимо главного своего труда Даниельсон зимой 1873—1874 года принял участие в издании за рубежом «Писем без адреса» Н. Г. Чернышевского редакцией журнала П. Л. Лаврова «Вперёд». Кроме этого по просьбе Маркса в 1881—1883 годах он впервые познакомил русских читателей с переводами работ зятя Маркса Поля Лафарга. Его статьи появлялись в журналах «Устои» и «Отечественные записки». В 1895 году при содействии Даниельсона и, возможно, в его переводе в журнале Русское богатство под псевдонимом Av. появляется цикл из шести статей под общим названием «Письма из Англии». Их автор — другой зять Маркса Эдуард Эвелинг и дочь Маркса Элеонора Эвелинг, Даниельсон был причастен также к публикации работы Энгельса «Марка» в 1900 году в «Русском богатстве». После революции 1905 года появляется, наконец, возможность публикации многолетней переписки Карла Маркса и Фридриха Энгельса с Даниельсоном. Сначала письма в переводе Германа Лопатина были напечатаны в журнале «Минувшие годы» в 1908 году, а затем, дополненные письмом Карла Маркса в редакцию «Отечественных записок» и предисловием Даниельсона, в том же году были изданы Даниельсоном отдельным изданием.