Позднее его кандидатура рассматривалась на старообрядческую Казанско-Вятскую епархию, но был отклонена, так как он находился под запрещением и, к тому же, сам отказался, заявив, что ещё не совсем проникся духом старообрядчества. Был организатором и руководителем Старообрядческого духовного учительского института, автором учебника Закона Божьего для старообрядческих школ.

В мае 1911 года епископ Михаил был арестован за радикальные высказывания, на полтора года заключён в крепость.

Активно сотрудничал с рядом старообрядческих изданий — «Церковь», «Старообрядческая мысль», «Старая Русь». Публиковал как богословские труды, так и художественные произведения, среди которых выделяются роман «Второй Рим» (церковной истории Византии IX—X вв.), повести «На заре христианства» (о первохристианских мучениках), «Горящий огнём» (о судьбе протопопа Аввакума), «Великий разгром» (о церковной истории XVII в.) и др. Ещё в 1906 году опубликовал в Петербурге под псевдонимом Дьяк Шигоня историческую драму «Уставший царь» об Иване Грозном.

Разрабатывал учение «голгофского христианства», сутью которого были свобода творчества, духовное обновление, совершенство, стремление к восстановлению на земле идеалов первохристианских общин. Сторонники этого учения считали, что путь к спасению, к «Новой Земле» (как аналогу Иерусалима небесного) лежит через Голгофу, а вся жизнь христианина должна быть постоянной Голгофой. В число организаторов группы сторонников «голгофского христианства» входил будущий священник Валентин Свенцицкий, этому движению сочувствовал Павел Флоренский.

Смерть

Страдал нервным расстройством, склонностью к бродяжничеству. Осенью 1916 года отправился вместе с сестрой на лечение в Москву, где его судьба сложилась трагически. 15-го октября, вечером епископ прибыл на станцию сортировочная; где он пробыл последующие три дня — неизвестно; 18-го октября епископа обворовали неизвестные, а когда он обратился за помощью, то его приняли за вора и жестоко избили (у него были сломаны четыре ребра и ключица). В таком состоянии и без документов 19-го октября он был найден на улице 1-й Мещанской и помещён в Старо-Екатерининскую больницу, где пролежал несколько дней; после установление его личности 26-го октября нашедшие его родственники перевезли его в лечебницу у Рогожского кладбища, являющегося духовно-административным центром старообрядчества. На следующий день 27-го октября епископ скончался, с умирающего епископа было снято запрещение в служении, он был соборован. Был торжественно, по архиерейскому чину похоронен на Рогожском кладбище.

Из Иллюстрированного журнала «Искры Воскресенье» от 6 ноября 1916 года:

начало цитатыКончина епископа. 15-го октября, вечером на подмосковной станции «Сортировочная», Московской-Казанской железной дороги, старообрядческий епископ Михаил, ехавший с сестрой в Петроград, вышел на платформу и затерялся в толпе. С тех пор его след пропал. Только 25-го октября епископа нашли в Старо-Екатерининской больнице, где он лежал с утра 19-го октября. Сюда он был доставлен как нейзвестный, поднятый на 1-й Мещанской улице. Епископ был в бессознательном состоянии, без шапки, без обуви, в рваном белье. На теле больного были обнаружены ссадины и кровоподтеки. Епископа где-то избили. За неимением свободных мест ему отвели место в коридоре. В бреду он пытался вставать и куда то бежать. На него надели смерительную рубашку. В один из светлых моментов больной сказал доктору что он епископ Михаил. Немедленно об этом сообщили на Рогожское старообрядческое кладбище. Больного перевезли туда, но на следующий день, 27-го октября, епископ скончался. Епископ Михаил, в миру Павел Семенов, сын кантониста, родился в Симбирске. По окончании казанской духовной академии он был приглашен в петроградскую академию на кафедру церковного права. В 1905 году архимандрит Михаил объявил себя христианским социалистом. Отдельно книжкою он выпустил 12 писем «О Христе Подлинном». В своих литературнах произведениях он открыто выступал против Синода и последнии лишил его сана. В 1907 году он присоеденился к старообрядчеству и получил сан епископа. Епископ Михаил скончался на 44-году жизни..