Сплетня о Бенни добралась до Лондона, Герцен на какое-то время ей поверил, потому что инструктировал 25 ноября (7 декабря) 1861 года своего очередного эмиссара в Россию Н. М. Владимирова, товарища Ничипоренко и Кельсиева по Коммерческому училищу: «Опять говорят о Бенни и сильно подозревают его. Да когда же я его рекомендовал? Пора быть осторожным… О Бенни скажите, во-первых, Нич<ипоренко>». На следствии Ничипоренко признавался, что передал письмо Герцена с инструкциями о Бенни С. С. Громеке, Н. В. Альбертини и Николаю Курочкину, иначе говоря, именно тем лицам, кого он лично до этого знакомил с Артуром Бенни и перед кем считал себя обязанным оправдать в предполагаемом компрометировании этих лиц связью с Бенни. Ничипоренко, следовательно, действительно был причастным к распространению слухов, но причастным опосредованно, в качестве доверенного лица А. И. Герцена.

Вернувшись в Петербург после поездки с Артуром Бенни, Ничипоренко, бывший к тому времени в отставке от государственной службы, 27 декабря 1861 года приказом министра финансов был назначен в департамент податей и сборов, где проработал до отъезда в Западную Европу 6 апреля 1862 года. В это же время (январь 1861 года) возобновляются контакты Ничипоренко с Бенни, прерванные осенью, а в феврале 1862 года они вместе с Лесковым начинают сотрудничество в обновлённой редакции газеты «Северная пчела». Как утверждает У. Эджертон: «И Ничипоренко, и Лесков не отшатнулись от Бенни, несмотря на ходившие о нём слухи». В письме Василию Кельсиеву Бенни писал: «Как вы знаете, я оставил „Инвалид“ и работаю теперь с Ничипоренкой в „Пчеле“… Перешедши в „Пчелу“, мы решили с Андреем Ивановичем просить и вас перенести туда вашу корреспонденцию, и я знаю, что он писал вам по этому поводу».

Ничипоренко вошёл в так называемый кружок Бенни, который занимался выпуском прокламаций «Русская правда». В марте-апреле 1862 года друзья напечатали в нелегальной типографии, организованной Артуром Бенни, два выпуска «Русской правды». Оба номера были посвящены польским событиям, написаны от лица русских, проникнуты сочувствием к угнетённым полякам и распространялись исключительно в Польше. В кружок Бенни, по мнению американского автора, помимо Ничипоренко, входил Н. С. Лесков и латышский студент П. Д. Баллод. К ним же идейно примыкал и Василий Кельсиев, приезжавший нелегально в Россию в марте-апреле 1862 года. В начале 1862 года реорганизовывалась демократическая газета «Век» П. И. Вейнберга. Была создана специальная комиссия из А. Н. Энгельгардта, А. И. Ничипоренко и Н. А. Серно-Соловьевича для урегулирования разногласий между издателем и сотрудниками газеты, настолько высок был авторитет Ничипоренко.

С конца 1861 года в России действовала сеть подпольной организации «Земля и воля», организованной А. И. Герценом, Н. П. Огарёвым, Н. Г. Чернышевским, Н. А. Серно-Соловьевичем, А. А. Слепцовым и Н. Н. Обручевым. Ничипоренко вошёл в состав одной из первых пятёрок. Наивысшим проявлением доверия «землевольцев» к Андрею Ивановичу явилось назначение его весной 1862 года в качестве связного между провинциальными комитетами в Казани, Нижнем Новгороде, Ярославле, Саратове, Твери, Астрахани, созданными А. А. Слепцовым в январе 1862 года, и центральным столичным комитетом партии «Земля и воля». О том доверии, которое по-прежнему испытывал Ничипоренко к оклеветанному Артуру Бенни, говорит тот факт, что он не скрыл от Бенни предполагаемый конспиративный приезд Василия Кельсиева в начале марта 1862 года в Петербург, о чём рассказал сам Кельсиев в своей «Исповеди». Во время этого приезда Ничипоренко виделся с Кельсиевым, которого до этого он не не видел три года.