И всё же с 1882 года он начинает читать лекционный материал в Санкт-Петербургском университете в качестве приват-доцента (им были читан курс русской истории). В 1886 году он был отстранён от преподавания на кафедре по причине т. н. «вредного направления». Распоряжение на отстранение Семевского отдал министр народного просвещения И. Д. Делянов с подачи К. Н. Бестужева-Рюмина. В условиях реакции 80-х годов пробуждение интереса студентов к серьёзному изучению судеб русского крестьянства и к социально-экономическим условиям его жизни считалось неуместным. Отныне историк был обречён на кабинетную деятельность, а со студентами вынужден был заниматься исключительно на дому.

В 1889 году опять-таки в Московском университете он защищает докторскую диссертацию по русской истории: «Крестьянский вопрос в XVIII и первой половине XIX века». Здесь Семевским были рассмотрены большинство существенно важных проектов раскрепощения крестьян, высказывавшиеся и подготавливавшиеся В. В. Голицыным, Петром Первым, В. Н. Татищевым, Екатериной II, Александром I, Николаем I, декабристами и другими просвещенными людьми того времени. Он проанализировал конкретные меры и законопроекты по изменению положения крестьян, деятельность Вольного экономического общества, а также целого ряда комиссий, изучавших крестьянский вопрос. Показал деятельность секретных комитетов, занимавшихся крестьянским вопросом при Николае I, отражение крестьянского вопроса в русской литературе и науке, в деятельности революционных обществ. Он затронул и другой очень важный аспект проблемы: формы протеста крестьян против угнетения — побеги, поджоги, насилие над помещиками и т. д.

За эту работу он был награждён Академией наук Уваровской премией, а Вольное экономическое общество представило его к большой золотой медали.

Значение трудов В. И. Семевского

В русской исторической науке до Семевского история крестьянства отдельно никем не рассматривалась. Семевский делает следующее заключение: теоретическая основа раскрепощения крестьянства была выработана лучшими представителями передовой русской интеллигенции; программа освобождения крестьян, выдвинутая русской интеллигенцией, позднее сделалась и правительственной программой, хотя бы и с существенными оговорками, так крестьянам не была сохранена вся та земля, которая была им предоставлена помещиками в пользование.

С точки зрения марксистов, Семевский идеализировал крестьянскую общину, неправильно объяснял причины отмены крепостного права и т. п.

Историки немарксисстского толка сходятся в том, что Семевский изучал историю крестьянства и освободительного движения в России с демократических позиций, с привлечением огромного фактического материала, не делая широких обобщений и считая, что объективное изложение фактов само по себе приводит к правильным выводам. Труды его сохраняют значение в качестве свода большого и достоверного фактического материала.

Журналист, путешественник и общественный деятель

В 1880—1890 годы помимо «Русской старины» Семевский много сотрудничал в «Отечественных записках», «Устоях», «Русской мысли», «Вестнике Европы», «Русских ведомостях», «Историческом обозрении».

В 1886 году умирает известный педагог и детский писатель В. И. Водовозов. Семевский был его учеником и другом. Спустя два года он женится на его вдове — Елизавете Николаевне Водовозовой, (рожд. Цевловской), известной шестидесятнице, также детской писательнице и педагоге. Она переживёт обоих мужей и свою совместную жизнь с В. И. Водовозовым и с В. И. Семевским опишет позднее в мемуарной книге «На заре жизни», а также в отдельных мемуарных очерках.