В 1589 г. Спенсера посетил его ирландский сосед, сэр Уолтер Рэли оставивший заметный след в истории английской поэзии. Рэли и Спенсер были одногодками, но бурная жизнь Рэли была прямой противоположностью относительно спокойной и уединённой жизни Спенсера. Прочитав черновики первых трёх песен «Королевы фей», Рэли настоял на её издании, взяв с собой в Англию Спенсера, чтобы представить законченную часть «Королевы Фей» непосредственно королеве Елизавете. Наконец-то Спенсер вернулся в Лондон через 9 лет после того, как его покинул.

Спенсер – «поэт поэтов»

В полном своём виде «Королева Фей» состоит из шести книг и одного фрагмента (известного как «Песни Изменчивости»). Первые три книги «Королевы Фей», введённые в Stationers’ Hall (реестр издателей) 1-го декабря 1589 г., были изданы Уильямом Понсоби в 1590 г., и Спенсер сразу же был признан всеми современниками первым из живущих поэтов, причём с замечательным единодушием.

После публикации «Королевы Фей» Спенсер, похоже, оставался в Лондоне более года, чтобы насладиться своим триумфом. Рэли ободрял Спенсера надеждами на получение выгодной должности при дворе. Однако если Спенсер и имел какие-либо надежды, то его ждало разочарование. Бережливая королева наградила Спенсера ежегодной пенсией в 100 ф.с. Однако лорд-казначей Бёрли заметил: «Что? Столько всего лишь за песню». В результате Спенсеру были выплачены лишь 50 ф.с. в феврале 1591 г., и только после представления Спенсером Елизавете I ироничного стихотворения о невыполненном обещании.

Возвращение в Ирландию и женитьба

В 1591 г. Спенсер, вероятно, вернулся в Килколман, впервые опубликовав «Дафнаиду» (элегию на смерть леди Дуглас Говард, супруги Артура Горджеса, эсквайра) и сборник «Жалобы». Вернувшись в свой Килкоманский замок, Спенсер, вероятно, был назначен королевским судьёй графства Корк, и среди частых поездок по административным делам влюбился и начал ухаживать за Элизабет Бойл (ум.1622), дочерью Стефена Бойла из Браддена, Нортгемптоншир. Первая жена Спенсера умерла к этому времени, и поэт после долгого года ухаживаний и любовных переживаний, воплощённых в цикл сонетов «Amoretti», 11-го июня 1594 г. повенчался в кафедральном соборе города Корк с молодой, красивой и гордой девушкой из богатой англо-ирландской семьи. Это долгожданное событие было воспето Спенсером в «Эпиталамии» – самой прекрасной в английской поэзии свадебной песне. Оба произведения были изданы в Лондоне отдельным сборником в 1594 году. Спенсер возвратился в Лондон в 1596 г. для публикации второй части «Королевы фей» и, вероятно, оставался в столице в течение года, проживая в качестве гостя в доме Роберта Деверё, 2-го графа Эссекса.

В течение 1596 г. были изданы его «Четыре Гимна», «Проталамион» и «Астрофил» – печальная элегия, написанная в память о Филипе Сидни и посвящённая графине Эссекс. В это же время Спенсер составил свой «Взгляд на существующее положение Ирландии», умоляя королевскую администрацию, чтобы граф Эссекс был отправлен во главе войска в Ирландию. Единственная прозаическая книга Спенсера была отмечена в Stationers' Hall в апреле 1598 г., но поэт не получил разрешение на публикацию.

Последние годы жизни

Два последних года своей жизни Спенсер, в основном, занимался политическими и личными делами. Когда в конце 1596 г., или в самом начале 1597-го, Спенсер, скорее всего вместе с женой и детьми, вернулся в Ирландию, то нашёл её в крайнем опасном состоянии. Джон Перро, лорд-наместник Ирландии в эти годы, фактически полностью изменил политику лорда Грея, и пытался скорее понравиться ирландцам, чем управлять ими. Именно по этой причине, видя слабость королевской администрации, начал новое восстание Хью О'Нил, граф Тайрон. В начале 1598 г. восстание начало распространяться по Манстеру. По приказу Тайного Совета (письмо королевы от 30 сентября 1598 г.) Спенсер был назначен шерифом графства Корк. Спенсер пожинал радость и безмятежное счастье в окружении любимой жены и детей. У поэта было трое детей: сын и дочь от первого брака и сын (Перегрин, ум.1642) – от второго. Но срок пребывания Спенсера в новой должности оказался слишком коротким. В октябре почти весь Манстер оказался в руках повстанцев, и многие землевладельцы в ужасе покидали свои поместья. Спенсер бежал вместе с семьёй из горящего замка Килколман в город Корк. Есть предположения, что в огне восстания погиб его четвёртый новорожденный ребёнок, а также все его рукописи и черновики новых книг «Королевы Фей».