В то время как Призрак сочиняет музыку, сидя за органом («I Remember…»), Кристина просыпается под звуки музыкальной шкатулки в виде обезьянки. Она подбирается к Призраку, снимает с него маску и видит его обезображенное лицо. Призрак приходит в бешенство от её любопытства, затем, успокоившись, с тоской говорит о том, что всегда хотел, чтобы у него было нормальное человеческое лицо, а также хотел быть любимым Кристиной («Stranger Than You Dreamt It»). Он забирает из рук Кристины маску и отводит её обратно в гримёрку.

В это время в Опере Жозеф Буке (главный рабочий сцены), который, как и Мадам Жири, необъяснимо много знает о Призраке, пугает юных балерин рассказами о «Привидении Оперы» и о его ужасной Пенджабской удавке («Magical Lasso»). Мадам Жири предупреждает его о последствиях и просит проявлять сдержанность.

Фирмен и Андрэ получают письма от Призрака Оперы, где он даёт им наставления о постановке новой оперы, что очень их раздражает. Врывается Рауль, требуя сказать ему, где Кристина, и показывает владельцам Оперы письмо от Призрака, в котором Рауля предупреждают, чтобы он держался подальше от Кристины. Также появляется Карлотта с письмом (написанным, по её мнению, Раулем), в котором сообщается, что Кристина будет играть её роль. Мадам Жири показывает ещё одно письмо от Призрака: он требует, чтобы Кристина заменила Карлотту в новой опере «Il Muto» («Notes…»). Фирмен и Андрэ уверяют Карлотту в том, что её роль останется за ней («Prima Donna»), но во время выступления случается невероятное («Poor Fool, He Makes Me Laugh»). При непосредственном участии Призрака голос Карлотты становится похожим на лягушачье кваканье, она теряет голос. Владельцы Оперы выпускают на сцену балет, чтобы развлечь аудиторию, пока Кристину готовят к выступлению вместо Карлотты. Во время танца поднимается задний фон, за которым, ко всеобщему ужасу, оказывается труп повешенного Жозефа Буке, свисающего со стропил на Пенджабской удавке.

Во время всеобщей паники Кристина убегает с Раулем на крышу, где рассказывает ему о Призраке и своём путешествии в его логово. Рауль относится к этому скептично («Why Have You Brought Me Here?/Raoul, I’ve Been There»), но признаётся ей в любви и клянётся всегда защищать её. Они сливаются в поцелуе («All I Ask of You»). Призрак, подслушавший их беседу, раздавлен горем. Он в ярости клянётся отомстить им («All I Ask of You (Reprise)»), и, по его воле, огромная Оперная люстра обрушивается на сцену. Занавес падает.

Акт второй

Шесть месяцев спустя, во время праздничного бала-маскарада («Masquerade»), впервые с момента крушения люстры появляется Призрак, скрывающий своё лицо под маской Красной Смерти. Он объявляет, что написал новую оперу под названием «Don Juan Triumphant» и требует, чтобы её немедленно поставили («Why So Silent?») с Кристиной в главной роли, которая тайно помолвилась с Раулем. Он отбирает у неё обручальное кольцо и исчезает. Рауль требует, чтобы Мадам Жири рассказала ему всё, что она знает о Призраке. Она рассказывает ему о бродячей ярмарке, которая однажды остановилась в Париже, и главной диковинкой этой ярмарке был ужасно уродливый человек, пойманный и запертый в клетке, оказавшийся гениальным музыкантом, фокусником и архитектором, когда-то построившим зеркальный лабиринт для персидского шаха. Вскоре он сбежал. Мадам Жири предполагает, что Призрак и тот несчастный беглец — одно лицо.

Рауль придумывает план, в котором решает использовать постановку «Don Juan Triumphant» в качестве ловушки, чтобы поймать Призрака («Notes/Twisted Every Way»). Кристина, разрывающаяся между любовью к Раулю и нежеланием снова увидеть человека, который вдохновил её голос, сначала отказывается участвовать в его плане, но у неё нет выбора. Она посещает могилу своего отца, чтобы попытаться облегчить душу («Wishing You Were Somehow Here Again»). Появляется Призрак и снова обольщает Кристину, предлагая ей пойти за ним («Wandering Child»), но внезапно вмешивается Рауль и защищает её. Призрак пытается спровоцировать Рауля на нападение, поскольку сам стреляет шаровыми молниями из своего жезла («Bravo, Monsieur!»). Кристине удаётся воспрепятствовать убийству Рауля, и они вместе убегают. Призрак объявляет им обоим войну.