На призывы папы из всех монархов откликнулся лишь французский король Людовик IX. Копии Талмуда были изъяты и переданы монахам францисканского и доминиканского ордена, которые приступили к их изучению, в ходе которого беседовали так же c ведущими раввинами Франции. В дальнейшем, в присутствии короля состоялся диспут между раввином Ихиелем Парижским и Николаем Донином. Раввин стремился доказать, что Иисус бен Пантира, который поносится в Талмуде, — это другой Иисус, нежели почитаемый христианами, и что все законы и оскорбления в отношении к иноверцам, приведённые в Талмуде, не относятся к христианам. Согласно католической версии, раввин признал, что в Талмуде возводится хула на Иисуса; но указывал, что этот Иисус, хотя он и сын Марии и родился в Назарете, всё же другой Иисус. Однако католики нашли доводы раввина лживыми и неубедительными. Евреи же полагали, что в диспуте выиграли они. В результате суд постановил сжечь все копии Талмуда. В 1242 году в Париже было сожжено 24 воза изъятых копий Талмуда.

Отчасти из-за преследований Талмуда приобрела значительную популярность «Эйн-Яааков» (Источник Яакова) — сборник содержащихся в Талмуде аггадических мест, составленный Яаковом ибн-Хабиб в Салониках в начале XV века.

В дальнейшем Католической церковью в Средние века вновь устраивались публичные сжигания Талмуда и других священных книг иудаизма, которые трактовались как источник зла. Так, папа Гонорий IV в 1286 году писал архиепископу кентерберийскому об этой «достойной проклятия книге» (liber damnabilis), серьёзно предостерегал его и «настоятельно» (vehementer) требовал, чтобы он наблюдал за тем, чтобы никто не читал этой книги, «так как отсюда проистекает всякое другое зло».

Впоследствии позиция католической церкви по отношению к Талмуду постепенно смягчается. Это произошло в том числе под давлением христианских учёных гуманистов, например Иогана Рейхлина, который считал, что свобода вероисповедания предполагает свободу использования евреями их религиозной литературы. В 1520 году римский папа дозволил издать Талмуд в Венеции для нужд еврейского населения. Однако текст Талмуда в течение последующих веков подвергается жестокой цензуре, как внешней, так и со стороны евреев, опасающихся навлечь на себя ненависть. Слова «гой» и мин (отступник) были заменены на слова цдуки (саддукей), эпикурос или кути (самаритянин), дабы избежать ассоциации законов и высказываний в отношении иноверцев с христианами. Всё, что касается Иисуса, также было вырезано из средневековых изданий книги. Однако сожжения Талмуда иногда практиковались и в дальнейшем. Последний случай был зафиксирован в Каменце-Подольском (Речь Посполитая) в 1757 году.

В некоторых современных изданиях Талмуда слова обозначающие неевреев, а также тексты об Иисусе, вырезанные средневековыми цензорами, были восстановлены.

Разделы и трактаты Талмуда

• Зраим (זרעים, посевы) — в Вавилонском Талмуде сохранился лишь один трактат, соответствующий этому разделу Мишны, — трактат Брахот («благословения»), который включает в себя галахические дискуссии, касающиеся молитвы Шма, Амида, а также различных благословений и времени молитв. Существует мнение, что в Вавилонии не была создан Гемара к этому разделу, поскольку тематика этого раздела — обсуждение законов о земледельческих работах и урожае злаковых культур в пределах Эрец-Исраэль — не была там актуальной. А также возможно, что Гемара к трактатам раздела Зраим существовала, но была утерян.