В этот момент андроид Бишоп показывает людям, что реактор атмосферного процессора скоро взорвётся, поскольку при перестрелке была повреждена система охлаждения. Бишоп уходит к системе орбитальной связи комплекса, чтобы вызвать второй челнок с «Сулако». Чужие начинают штурм второй линии обороны, но на этот раз пулемёты заставляют их отступить. Хикс, понимая, что монстры будут искать обходные пути в защите, отправляет Хадсона и Васкез патрулировать периметр с датчиками движения.

Рипли и Ньют засыпают в лаборатории. Бёрк забирает оружие, освобождает лицехватов, запирает дверь и отключает камеры наблюдения — по его плану Рипли доставит на Землю образец для исследований внутри себя. Однако Рипли вовремя просыпается, включает пожарную тревогу, и десантники спасают их в последний момент. Выслушав Рипли, десантники решают расстрелять Бёрка, но в этот момент освещение отключается, а оба датчика движения засекают массовое движение внутри комплекса. Хикс приказывает десантникам немедленно вернуться в командный центр. Те быстро возвращаются и заваривают дверь в центр. Несмотря на это, датчик движения показывает, что Чужие уже находятся внутри центра. Команда в недоумении пытается разобраться, в чём дело. Хикс приподнимает часть навесного потолка и видит Чужих, ползущих между потолком и железной переборкой комплекса. Хикс даёт очередь из винтовки по Чужим, падая на пол. В этот момент Чужие пробивают потолок и прыгают в комнату. Десантники открывают шквальный огонь из винтовок, прикрывая отступление Рипли, Ньют и Бёрка. В бою внутри командного центра погибает Хадсон: Чужой вырывает под ним пол, хватает за ноги и уносит в вентиляцию. Бёрк пытается бежать в одиночку, но попадает прямо в лапы к одному из Чужих. Поскольку Бёрк запер за собой дверь, люди отступают через вентиляционные каналы. У Васкез заканчиваются патроны в автомате, и она начинает отстреливаться из пистолета, пока её не ранит кровью подошедшего слишком близко Чужого, с которым она была вынуждена вступить в ближний бой. Горман возвращается за ней, но Чужих вокруг уже слишком много. Он взрывает себя и её гранатой. Взрывная волна сбивает с ног Ньют, которая в этот момент идёт по неустойчивой конструкции — она падает по канализационным трубам на нижние этажи комплекса. Хикс и Рипли пытаются её спасти, но Чужие уносят её к себе в улей. Кровь очередного чужого обжигает Хикса, но Рипли помогает ему дойти до челнока.

Рипли приказывает Бишопу лететь к атмосферному процессору, вооружается и спускается в улей. Везде видны следы разрушений, а компьютер комплекса отсчитывает минуты до взрыва. По следящему датчику, который она надела на Ньют раньше, Рипли находит и спасает девочку, но путь, по которому она шла, оказывается завален. Пытаясь найти выход, Рипли попадает в зал матки (королевы) Чужих, где полно яиц. Рипли выпускает струю огня в воздух, а затем направляет ствол огнемёта на яйца, показывая тем самым королеве «если не тронешь нас, мы не тронем яйца». Королева соглашается, отзывая своих воинов, но в этот момент яйца начинают раскрываться. Рипли понимает, что мирно уйти не удастся, и сжигает все яйца из огнемёта. Расстреляв нескольких Чужих из автомата, она начинает стрелять из гранатомёта, попадая при этом несколько раз по яйцекладу королевы. В итоге в помещении начинается обвал, и Рипли убегает оттуда, взяв с собой Ньют, бросив напоследок в огонь связку гранат. В помещении начинается пожар, королева в ярости отрывает от себя длинный яйцеклад и бежит за Рипли.