Параллельно нам открывается ещё две сюжетные линии — борьба детектива Хоффмана с ФБР в лице Эриксона и Перез и история Джилл Таг, жены Джона, который оставил ей шкатулку в пятой части. В шкатулке 6 конвертов и медвежий капкан. ФБР все ближе продвигается к раскрытию загадки, а дело осложняет излишне настойчивая журналистка Памела, которая требует интервью как у Марка Хоффмана, так и у Джилл. Она отдаёт Джилл записку, найденную среди вещей Джона, но Джилл ничего не хочет слушать и захлопывает дверь. В конце концов Марк похищает Памелу и сажает в точно такую же клетку, как и семью Гарольда. Хоффман требует Джилл отдать конверты, что она и делает, оставив себе лишь шестой.

ФБР находит отпечатки пальцев спецагента Страма на месте первой ловушки из этой части. Казалось бы, Марку удалось навести их на ложный след, однако у Эриксона и Перез возникают сомнения; они находят плёнку с записью для Сета Бакстера, того, кто убил сестру Хоффмана и кого он сам убил в пятой части, и отдают её на исследование с целью узнать, чей голос на плёнке.

Тем временем Уилл продолжает проходить испытания. Вторым является выбор — убить безнадежную с точки зрения страховой компании и формулы главного героя пожилую женщину, смерть которой очень сильно повлияла бы на её семью, или же молодого и полного сил клерка, идеального для выдачи полиса, но чью смерть никто не заметит? В этом испытании уже видно, что Уилл начинает переоценивать свои ценности, и он спасает женщину.

Эриксон звонит Хоффману и просит прибыть в морг; там он обращает внимание на некоторые странности на трупе мужчины из первой ловушки. Куски в форме кусочка «паззла» из первых жертв вырезаны хирургическим инструментом, а из последней — ножом с зазубринами. И этот нож уже появлялся, когда жертвой был Сет Бакстер. Тогда Марк начинает понимать, что ФБР о чём-то догадывается.

Уильям продолжает. Следующим испытуемым является юрист компании Дебби, которая за 90 секунд с помощью главного героя должна пройти лабиринт с трубами, из которых валит горячий пар, иначе её голову прострелит ружьё, надетое на шею. Уиллу удается помочь провести Дебби через лабиринт, но надо ещё снять ружьё. В конце лабиринта мы видим фотографии, из которых ясно, что ключ от ружья находится в теле Уилла. Обезумевшая женщина кидается на Уилла с ручной пилой, но время работает на него — 90 секунд кончаются, и Дебби погибает.

Четвёртым испытанием является карусель, которую показали в трейлере. На ней 6 человек, ищейки компании, находившие ошибки и неточности в полисах, вследствие чего правление могло отказать в выплате страховки и сэкономить деньги. Пила говорит с экрана, что Уилл может спасти лишь двоих из них, для чего ему придется пожертвовать своей плотью и засунуть руку в металлический куб с двумя кнопками. Если он нажмёт кнопки, то стальной стержень пронзит его руку, но человек будет спасён. Но четверым придется умереть, так как дробовик прострелит им грудь. Если же Уилл не сможет принять решение — умрут все. И здесь можно наблюдать, как люди подхалимничают Уиллу и клевещут на своих недавних коллег, делая всё, чтобы Уилл спас именно его, а не соседа. Уилл делает свой выбор и спасает двоих.

Тем временем в лаборатории ФБР почти закончило очищать плёнку. Эриксон и Перез говорят Марку, что есть кое-что странное в отпечатках спецагента Страма — оставляя их, тот был уже мертв. И тут же мы слышим голос Хоффмана из колонок. Молниеносно Марк перерезает горло Эриксону и выплескивает горячий кофе в лицо Перез. Полуослепшая, она достает пистолет и стреляет, но убивает борющуюся с Марком сотрудницу лаборатории. Хоффман убивает Перез, и перед смертью она говорит ему, что все знают, кто он на самом деле. Но Марк в это не верит и, принеся из машины канистру с бензином, обливает им лабораторию и ещё живого Эриксона. Оказывается, в ловушке-прессе, где погиб агент Страм, осталась невредимой его рука, которую Марк заморозил и использовал для нанесения отпечатков пальцев. Он оставляет отпечатки Страма и поджигает лабораторию, чтобы успеть к финалу игры Уилла.