Эмбер приходит к отцу, чтобы пожаловаться на неудачную пластическую операцию. Сначала он не хочет слушать её жалоб и упрекает в неблагодарности, но, когда видит изуродованное лицо дочери, обещает помочь, чтобы она смогла выступить на сцене этим вечером; обрадованная Эмбер уходит. Ротти с горечью говорит, что в жизни нельзя полагаться ни на славу, ни на любовь, ни даже на семью; золото — вот единственная реальная ценность. Он берет своё завещание и вписывает в него имя своей единственной наследницы — Шайло («Happiness is Not a Warm Scalpel», «Gold»).

Натан, сидя у постели дочери, которая все ещё не пришла в себя, перехватывает звонок Ротти, в котором тот приглашает Шайло в Оперу, где она получит своё лекарство. Натан приходит в ярость, понимая, что Ротти хочет отнять у него дочь. Но когда Шайло просыпается, он делает вид, что ничего не произошло, и снова пытается убедить её в том, что все случившееся — сон. Спустившись в подвальный этаж своего дома, Натан сталкивается с полицейскими, которые пришли арестовать его по приказу Ротти, и убивает их. Вернувшись наверх, он обнаруживает, что Шайло снова сбежала из дома. Окончательно взбешённый, он решает убить Ротти («Nathan Discovers Rotti’s Plan», «Tonight We Are Betrayed»).

Каждый готовится к вечернему событию по-своему; Стервятник предрекает кровавую резню в Опере. Опера постепенно наполняется зрителями (At the Opera Tonight", «Bloodbath!» «We Started This Op’ra Shit!»).

Эмбер дебютирует на сцене в качестве певицы, но поёт отвратительно, а вдобавок ещё и умудряется уронить своё новое лицо; зрители освистывают её, и она убегает со сцены («Blame Not My Cheeks»).

Слепая Мэг исполняет свою последнюю песню. В отчаянной попытке сохранить себе жизнь и независимость она сама вырывает свои глаза, но Ротти перерубает трос, поддерживающий Мэг над сценой и она падает на железные колья ограды, которые пронзают её насквозь. Ротти унимает панику среди зрителей, утверждая, что произошедшее — часть представления, и обещая излечить Шайло на глазах у всех («Chromaggia», «Mag’s Fall», «Pièce De Résistance»).

За кулисами Шайло ожидает Конфискатора — Ротти приказал ей поймать его в качестве платы за лечение. Когда Конфискатор входит в комнату, она бьёт его по голове лопатой («Interrogation Room Challenge»).

Оглушённый Натан снимает шлем и Шайло узнает отца. Между ними происходит бурная сцена: Натан упрекает дочь в непослушании, а она его — во лжи. Когда же на экране появляется изображение мёртвой Мэг, Шайло, думая, что её убил Натан, проклинает отца и уходит на сцену («Let the Monster Rise»). Натан следует за ней и пытается напасть на Ротти, но Луиджи ранит его, а телохранительницы Ротти удерживают на месте при помощи электродубинок. Ротти объясняет Шайло, что именно отец является причиной её недуга — все эти годы он давал ей «лекарства», ослаблявшие её и создававшие иллюзию болезни, а кроме того, обвиняет его в убийстве Марни. Натан пытается оправдаться: удерживая дочь дома, он пытался уберечь её от жестокости мира, а смерть её матери была несчастным случаем. Ротти приказывает Шайло убить отца, обещая, к ужасу своих детей, что если она повинуется, он оставит ей «GeneCo» («Sawman’s Lament», «The Man Who Made You Sick», «Cut the Ties»). Шайло наконец понимает, что Ротти использовал её в своих целях и отказывается; тогда Ротти из последних сил стреляет в Натана и смертельно ранит его. Сам он умирает здесь же, на сцене, с презрением гоня от себя собственных детей и сокрушаясь лишь о том, что теперь его корпорация рухнет, а его имя забудется. Шайло и умирающий Натан трогательно прощаются, и Шайло уходит… («Shilo Turns Against Rotti», «I Didn’t Know I’d Love You So Much», «Genetic Emancipation»)

На следующий день Стервятник читает в газете о том, что Шайло скрылась, отказавшись от наследства Ротти. Эмбер захватывает корпорацию в свои руки и, в залог грядущих перемен в «GeneCo», выставляет своё «упавшее лицо» на благотворительном аукционе. Но Луиджи убивает трёх главных претендентов, и «лицо» достаётся Пави, который теперь с гордостью носит его. История «GeneCo» продолжается… («Epitaph», «Repo Man»)

Порядок песен в фильме

1. «Depraved Heart Murder at Sanitarium Square»
2. «Genetic Repo Man» — «Стервятник»
3. «Crucifixus» — Слепая Мэг
4. «The Prognosis»
5. «Things You See in a Graveyard (Part One)» — Ротти
6. «A Sandwich and a Bug» — Шайло
7. «21st Century Cure» — Шайло и «Стервятник»
8. «Shilo Wakes» — Натан и Шайло
9. «Infected» — Шайло
10. «Bravi!» — Ротти, Луиджи, Пави, Эмбер
11. «Legal Assassin» — Натан
12. «Lungs and Livers»
13. «A New World Organ»
14. «Mark It Up» — Эмбер, Луиджи, Пави
15. «Tao of Mag» — Слепая Мэг
16. «Things You See in a Graveyard (Part Two)» — Ротти
17. «Limo Ride» — Ротти и Шайло
18. «Thankless Job» — Натан
19. «No Organes? No Problema!»
20. «Genterns» — Пави
21. «Largo’s Little Helpers» — Луиджи
22. «Luigi, Pavi, Amber Harass Mag» — Слепая Мэг, Ротти, Эмбер, Луиджи, Пави
23. «Seeing You Stirs Memories» — Ротти
24. «Inopportune Telephone Call» — Натан и Шайло
25. «GraveRobber and Shilo Escape» — Шайло и «Стервятник»
26. «Zydrate Support Network» — Ротти, Слепая Мэг, диктор(?)
27. «Worthy Heirs»
28. «Zydrate Anatomy» — «Стервятник», Шайло, Эмбер
29. «Who Ordered Pizza?» — Луиджи, Натан, Пави, Ротти, Эмбер
30. «Night Surgeon» — Натан, Ротти, Луиджи, Пави
31. «Chase the Morning» — Слепая Мэг, Шайло, Марни
32. «Everyone’s a Composer» — Слепая Мэг, Натан, Шайло
33. «Come Back!» — Натан и Шайло
34. «What Chance Has a 17 Year Old Girl» — Натан и Шайло
35. «Seventeen» — Шайло
36. «Happiness is Not a Warm Scalpel» — Ротти и Эмбер
37. «Gold» — Ротти
38. «Nathan Discovers Rotti’s Plan» — Ротти, Натан, Шайло
39. «Tonight We Are Betrayed» — Натан
40. «At the Opera Tonight» — Шайло, Мэг, Натан, Эмбер, «Стервятник», Ротти, Луиджи, Пави
41. «Bloodbath!» — «Стервятник»
42. «We Started This Op’ra Shit!» — руководитель рок-группы, Луиджи, Пави, мать-одиночка, Ротти
43. «Blame Not My Cheeks» — Эмбер
44. «Chromaggia» — Слепая Мэг
45. «Mag’s Fall»
46. «Pièce De Résistance» — Ротти
47. «Interrogation Room Challenge» — Ротти
48. «Let the Monster Rise» — Натан и Шайло
49. «Sawman’s Lament» — Натан, Шайло, Ротти, Луиджи, Пави
50. «The Man Who Made You Sick» — Ротти
51. «Cut the Ties» — Натан, Шайло, Ротти, Луиджи, Пави
52. «Shilo Turns Against Rotti» — Натан, Шайло, Ротти, Луиджи, Пави
53. «I Didn’t Know I’d Love You So Much» — Натан и Шайло
54. «Genetic Emancipation» — Шайло
55. «Epitaph» — «Стервятник»
56. «Repo Man» — Пави (титры)
57. «VUK-R» — Violet UK(поёт Кэйти Фицджеральд, автор — Йошики Хаяши) (титры)
58. «Needle Through a Bug» — Шайло и «Стервятник» (титры)
59. «Bravi!» — Мэг, Ротти, Луиджи, Пави, Эмбер (титры)
60. «Aching Hour» — Слепая Мэг (титры)