Финальная миссия игры происходит в подпространстве, во время прыжка «Люцифера» по направлению к Солнечной системе. Лишённые своих энергетических щитов шиванские корабли сопровождения, оказываются неспособны противостоять более прочным земным и васуданским штурмовикам. Звену тяжёлых бомбардировщиков «Урса» удаётся уничтожить «Люцифер» при выходе из подпространства в Солнечной системе. Однако мощный взрыв гибнущего шиванского флагмана уничтожает единственная точку гиперперехода системы, изолируя Землю от остальной галактики.

Действие аддона «Silent Threat» происходит после потери связи с Солнечной системой. Новая кампания описывает падение подразделения Галактической земной разведки (Galactic Terran Intelligence), которое восстало против Земного Союза и пыталось использовать шиванские технологии в развязанном конфликте. ГЗР удалось построить новый суперэсминец «Аид» — гибрид земных и шиванских технологий. В конце кампании, он был уничтожен вместе с повстанцами.

Расы

Земляне

Во вселенной «FreeSpace», земляне распространились по галактике благодаря открытию технологии межзвёздных путешествий через подпространство, что позволило человечеству создать колонии во многих звёздных системах. Это расширение сферы влияния в конце концов привело к контакту, а затем и конфликту с васуданами, вылившемуся в 14-летнюю войну. Инфраструктура земного сообщества организована в Галактический Земной Союз, который позже станет Галактическим Союзом Землян-Васудан (Galactic Terran-Vasudan Alliance).

Земные корабли

Дизайны земных кораблей напоминают аналоги из современной научной фантастики, то есть эффективность более приоритетна чем красота и эстетика. Крупные корабли обычно напоминают летучие ящики, тогда как истребители всё ещё напоминают своих атмосферных предков. Штурмовики/бомбардировщики являются смесью обоих типов дизайнов. Названия кораблей землян заимствованы из древнегреческой мифологии.

Истребители

Земные истребители времён войны между Землёй и Васудой Прайм значительно уступали в мощности двигателей своим васуданским аналогам, но их броня и огневая мощь более чем покрывают этот недостаток.

Васудане

Эта высокая, двуногая раса появилась на суровой планете Васуда Прайм. Они — цивилизация философов, художников и учёных. Они погружают себя в учения тех кто жил до них, представляя историю не в виде линейной хронологии событий, а как пространство в котором обитают и живые и мёртвые. Название расы, возможно, было позаимствовано из индуизма, от имени отца Кришны — Васудева.

С точки зрения землянина, общество васудан выглядит запутанным и ритуалистичным. Сами васудане кажутся высокомерными, вероломными и суеверными. С другой стороны, васудане зачастую считают людей агрессивными, параноидальными и глупыми. Тридцать лет мирного сосуществования двух рас помогли подорвать эти предубеждения.

Величайшим достижением цивилизации васудан считается их язык. Тонкости регулирующие пользование языка находятся выше понимания среднего землянина. Синтаксис и словарный запас управляются такими факторами как возраст, ранг и каста говорящего, время дня и фаза васуданского календаря, а также относительное пространственное местоположение говорящего к Императору. Это ещё более осложняется использованием нескольких алфавитов, десятков глагольных времён и тысяч диалектов. Считается, что неправильное использование языка землянами явилось одним из факторов, развязавших 14-летнюю войну. После основания земного-васуданского союза, все пограничные звёздные системы были оборудованы машинами-переводчиками, позволяя землянам и васуданам понимать друг друга.

Так как родной мир васудан представлял собой бескрайнюю пустыню, земляне использовали имена древнеегипетской мифологии для классификации боевых кораблей васудан во время войны с ними и Великой войны. После победы над шиванами, васудане настояли на продолжении этой традиции. Их Императору понравилась история Древнего Египта — особенно долгожительство древнеегипетского государства. Следуя примеру своего Императора, васудане стали присваивать своим боевым кораблям названия из мифов и истории Древнего Египта.

Шиваны

Шиваны были названы в честь индуистского бога разрушения и регенерации, Шивы. Эта древняя, разрушительная раса уничтожила бесчисленное количество космических рас и недавно вступала в две разрушительные войны с землянами и васуданами. Известно, что шиваны являются ксеноцидами. Они имеют чёрный панцирь, пять конечностей, множество глаз, и, по-видимому, являются каким-то киберенетическим организмом, состоящим из органических и неорганических частей, в состав которых входит и внутренняя плазменная пушка. Физически, они очень сильны и отлично адаптированы к нулевой гравитации. Типичный шиван имеет длину от 4 до 5 метров и рост от 2,5 до 3,5 метров, в зависимости от положения.

Лишь несколько представителей этой расы были взяты в плен, а все исследования в этой отрасли закончились с восстанием фракции ренегатов из земной разведки по окончании Великой войны. Результаты этих исследований глубоко засекречены.

В «FreeSpace», рассказчик — Древний — предполагает, что шиваны имеют глубокую связь с подпространством. По-видимому, оно является их родной средой. По мнению рассказчика, Шиваны замечают любую цивилизацию, путешествующую сквозь их территорию и стремятся уничтожить её. В конце игры предполагается, что шиваны являются иммунной системой галактики. Они появляются и уничтожают любую расу, создавшую технологию для перемещения через подпространство. Таким образом, они предотвращают захват галактики одной единственной расой. Также теоризируется, что земляне косвенно обязаны своим существованием шиванам — те истребили Древних и Земля не была колонизирована этой экспансивной расой, позволяя местным организмам развиваться без влияния извне.

Древние

Древние были расой, захватившей значительную часть галактики, включая части современных территорий землян и васудан. Они были уничтожены около 8000 лет назад. Благодаря их продвинутым технологиям, никто не мог противостоять их могуществу, пока они не повстречали шиван. Все орудия и технологии Древних оказались бесполезными против практически непробиваемых энергощитов этого нового противника. В результате продолжительной войны все Древние были уничтожены шиванами. Под конец войны Древние всё же нашли слабость в щитовой технологии шиван — щиты шиван не работают в подпространстве — и разработали технологию, позволяющую отследить корабли в подпространстве. Но это случилось слишком поздно чтобы спасти их расу от гибели.

По-видимому, Древние считали шиван космическими разрушителями. Они также верили, что уничтожение их расы было актом возмездия за то, что они посмели расширить свои владения за пределы своего места в космосе.