Урбия, север- Флинн и Бакстер возвращаются в город, где последний дешифрует диск. Но Тара сообщает им по рации, что миротворцы поймали Еву и Даффи и заложили рядом с ними взрывчатку. Вскоре девушки были спасены и вчетвером они направились в доки, чтобы встретиться с Тарой и Гасом. Однако, их радость не была долгой — Бакстер из-за своей беспечности прыгнул в заполненный водой док, где и был съеден акулой. Флинн убивает акулу гарпунным ружьём и команда объединяется.

Доки — Тара предлагает захватить грузовую баржу, чтобы добраться до Тайбея. Именно оттуда в Америку поступали «регенераторы» и там же находятся крупные промышленные комплексы, производящие их. По пути к барже команда Сопротивления собирают части регенератора. В последние минуты миссии Еву убивает миротворец, но Тара, собрав регенератор и использовав диск с данными Бакстера, оживляет Еву.

Тайбэй Territories

Рынок Тайбея — Первая локация, на которой доступна регенерационная платформа, делающая главного персонажа и его команду практически бессмертными. В этой миссии герои знакомятся с Линой — шпионкой Сопротивления.

Картонная страна — От Лины герои узнают, где находиться большая партия оружия, предназначенная для миротворцев. Флинн уничтожает всю партию с помощью взрывчатки.

Водоносный пласт — Уровень проходит на осушенных каналах. Главному герою необходимо уничтожить 3 регенератора «миротворцев», захватить их и дать перепрограммировать Таре. Кроме того целью миссии является запуск 3х генераторов тока, открытие шлюзов и сбор предохранителей для электромашин. В конце миссии уровень будет затоплен. Поток воды снесёт стоящий рядом завод Гратиуса.

Ихтия, юг — Отряд Сопротивления движется к заводу по производству «меметической жидкости» (жидкость, состоящая из нано-роботов, которые и воссоздают человека в «регенераторе»), чтобы уничтожить его.

Ихтия, север- Уничтожив завод, Флинн с командой отправляется на север Ихтии, чтобы уничтожить уже произведенную и хранившуюся там «меметичискую жидкость». И после этого они захватывают вертолет и летят в Токио.

Гинза Territories

Чозо — Прибыв в Токио, отряд Сопротивления обосновывается в одном из заброшенных зданий, но тут их берут на прицел, члены местного Сопротивления, которые всем видом говорят, что они бывшие военные. Однако Даффи улаживает ситуацию. Оказывается она — знакомая этих людей и предлагает помощь в борьбе с миротворцами. Цель миссии — уничтожить регенератор миротворцев.

Река отходов — Уровень представляет собой перестрелки в канализации Токио, атмосфера соответствующая. Множество тупиков, скрытых ходов и разбросанных токсичных отходов делают прохождение сложным и увлекательным. Конечная цель миссии — захват базы миротворцев и поиск выхода на поверхность.

Зангаи — Куртс и Кайл (а именно они были теми бывшими военными) сообщают героям, что в здании Зангаи миротворцы удерживают в плену лидера Сопротивления — Мику. И после боёв с миротворцами Флинн с друзьями освобождают её.

Транзит- Начало уровня представляет собой путешествие по полуразрушенному Токийскому метро, позже — перестрелки на его станциях, захват и уничтожение «суперрегенератора». В финале уровня всю команду Флинна уничтожает, их базу разрушают, а самого главного героя и Еву готовят к расстрелу, но их с помощью радиоуправляемого робота-крысы спасают экс-миротворцы, вставшие на борьбу с Гратиусом. Команда Флинна оживает за счёт использования новой регенерационной платформы.

Бакко — Силы Сопротивления готовят финальный штурм главного офиса Нако-Наки (корпорация, взаимодействующая с Гратиусом для миниатюризации регенераторов). Пробираясь через улицы, которые стали полем боя, отряд Сопротивления захватывает здание Нако-Наки и направляется на крышу, чтобы оттуда с помощью спутниковой сети распространить на весь мир правду о тайных махинациях Гратиуса.

Нако-Наки — Флинн с друзьями уже близок к победе, но тут на сцене появляется главный злодей — генерал миротворцев, который первым испробовал на себе новейшие разработки в области регенераторов. Он стал почти абсолютно бессмертен, но Флинн находит его слабое место и уничтожает генерала. После победы Флинна, Мика сразу же пересылает сведения о Гратиусе и Нако-Наки по спутниковой сети, показывая все данные их исследование на каждом экране мира.

Однако, после этого перед глазами игрока появляется некое место, где сидит сам Гратиус и с помощью собственной регенерационной платформы оживляет генерала, убитого Флинном.

Факты

На одной из камер на уровне "R&D" можно увидеть Генерала Гратиус и (вращая камеру)... Бакстера!!!!!

Также можно включить бессмертие нажав чат и сказав: god.

А ещё можно получить все виды вооружения в игре: allammo.