Торияма задумал Молнию как женского персонажа нового типа, с более атлетичным телом и менее женственным характером по сравнению с остальными героинями серии. Давая задание художнику, Тэцуе Номуре, он попросил сделать её одновременно «сильной и красивой», «что-то вроде женской версии Клауда Страйфа из Final Fantasy VII». С началом разработки игры было выполнено множество дизайнов, причём некоторые из них разрабатывались другими участниками производственной команды. Первые наброски представляли её блондинкой азиатской внешности, позднее Номура решил сделать Молнию «серьёзной», «неумолимой», «безжалостной» и в какой-то степени «индивидуалистической» личностью, чтобы её характер контрастировал с другим персонажем игры — вспыльчивым и непостоянным Сноу Вильерсом. Итоговый концептуальный рисунок вышел менее азиатским, чем изначально планировалось, и, так как блондином уже был Хоуп Эстейм, Молния получила волосы розоватого цвета. Фан изначально была мужчиной, однако позже, с формированием других дизайнов, пол персонажа решили поменять на женский. По словам Китасэ, каждый злодей должен был обладать своей собственной мотивацией и действовать в соответствии со своими убеждениями независимо от других антагонистов.

Художественный руководитель Камикокурё сообщал о значительном сокращении сценария. С целью уменьшения продолжительности игрового процесса и занимаемого на носителе места были удалены многие наработанные объекты, такие, например, как секретная база повстанцев и полностью смоделированный дом Молнии. По его словам, вырезанного материала хватило бы на ещё одну такую же игру. Торияма отмечал, что сокращения происходили в разное время на разных этапах разработки, а от некоторого контента пришлось отказаться буквально перед релизом. В отличие от предыдущих частей серии, здесь отсутствуют какие-либо населённые пункты, доступные для исследования, — режиссёр говорил в интервью по этому поводу, что воплотить свободные для перемещения локации оказалось практически невозможно при таком высоком качестве графики, поэтому таковые решили не делать. Торияма предполагал распространение загружаемого контента с дополнительными локациями, оружием и квестами, однако впоследствии, когда стало известно о портировании игры на приставку Xbox 360, ему пришлось отказаться от этой идеи, поскольку выпуск дополнений одновременно для двух консолей показался разработчикам несколько затруднительным.

16 апреля 2009 года появилась возможность сыграть в демо-версию, которая распространялась в Японии на дисках с фильмом Final Fantasy VII: Advent Children Complete. Торияма объяснил, что выпуск демо, изначально не запланированный, состоялся из-за желания разработчиков понять, как игра выглядит в глазах игроков и чего ей не хватает. Критические отзывы помогли скоординировать работу и потратить оставшееся время с максимальной пользой. Так как игра одновременно ориентирована и на западную, и на японскую аудитории, были созданы несколько фокус-групп специально для разных регионов. Англоязычная локализация началась ещё в процессе производства оригинальной японской версии, компания пошла на этот шаг, чтобы до минимума сократить разрыв между датами релиза. Анонсированный ближе к концу разработки порт для Xbox 360 в плане содержания ничем не отличается, картинка отображается в меньшем разрешении.

Музыкальное сопровождение