Основная часть игры проходит, как кажется на первый взгляд, в обычной средней школе, но на самом деле действие происходит в учебном году, предшествующему событиям Little Busters!, а Рики и Рин узнают, что существуют в искусственном мире, созданном Кёсукэ. Ранее они и другие главные персонажи во время школьной поездки попали в автомобильную аварию, после чего в живых остались только двое. Кёсукэ создал искусственный мир, чтобы его друзья смогли обрести достаточную силу и вернуться в реальный мир. Время в искусственном мире зациклено, и хотя Рики и Рин забыли о произошедшем, они стали сильнее, и Кёсукэ надеется, что им когда-нибудь удастся вернуться. Они просыпаются и покидают место катастрофы до того, как происходит взрыв. Затем Рики, страдающий нарколепсией, теряет сознание.

Не приемля такой ход событий, Рин возвращается в искусственный мир (на этот раз созданный ей и Рики) и помогает Рики побороть своё состояние. Затем эти двое снова оказываются на месте аварии в момент перед взрывом. В этот раз Рики и Рин работают вместе и спасают всех своих друзей, а Кёсукэ, будучи сильно раненым, заграждает утечку в топливном баке, чтобы задержать взрыв. Впоследствии друзья оправляются от полученных травм, дольше всех лечится Кёсукэ. Когда он наконец возвращается, то берёт напрокат микроавтобус, и члены Little Busters отправляются на поездку к океану.

Разработка

Впервые в истории компании Key в проекте были задействованы два арт-директора: Хиноэ и Na-Ga. Хиноэ занимала эту должность со времени создания первой игры Kanon, а Na-Ga пришёл в компанию, когда было начато производство игры Air, и с тех пор занимался созданием компьютерной графики и фоновых рисунков для игр Key. Хиноэ и Na-Ga было поручено создание дизайна персонажей, причём Na-Ga был ответственен за дизайн большинства персонажей из игры. Из шести героинь истории три — Комари, Харука и Юико — были разработаны Хиноэ, а Рин, Кудрявка и Мио были сделаны Na-Ga.

Работая над сценарием, Маэда также принимал участие и в создании игровой музыки. Помимо Маэды над созданием сценария трудились Касида, ранее работавший над игрой Tomoyo After: It's a Wonderful Life, и два новых автора сценария — Тонокава и Тика Сирокири. Маэда написал сценарий для Рин и всех мужских персонажей игры, Касида создал сценарий Мио, Тонокава написал сценарии Комари и Юико, а Сирокири создала сценарии Харуки и Кудрявки. В интервью, данному журналу Push!! в августе 2007 года, Маэда и Тонокава сообщили, что сюжет игры Little Busters! по продолжительности вдвое превосходит Air, но уступает игре Clannad. При этом они не приняли во внимание мини-игры, хотя и делающие игру несколько длиннее. Над созданием музыки кроме Маэды работали штатные композиторы Key Орито и Тогоси. Тогоси покинул Key в октябре 2006 года, ещё до того, как игра вышла в продажу.

За несколько месяцев до релиза игры Little Busters! было принято решение о том, что будет также выпущена эроге-версия Ритору Басутадзу Экусутаси, сокращённо Little Busters-EX. Для новой версии игры Na-Ga создал героиню Саю Токидо, сценарий к игре был написан Маэдой. Тонокава написал сценарий Сасами Сасасэгавы, а Сирокири — сценарий Канаты Футаки. Оригинальные сюжетные линии были переписаны, а общее количество текстовых строк в диалогах составило 43 347. Little Busters! Ecstasy по количеству слов в диалогах обогнала игру Clannad примерно на 4000 слов и таким образом стала самой длинной игрой компании Key. По причине большого объёма данных она поставлялась на двух DVD-дисках в отличие от оригинальной игры, выпущенной на одном диске.