При перезапуске цикла все действия Линка из предыдущих циклов отменяются, включая любой прогресс в незавершенных подземельях, и их нужно проходить заново. Однако если подземелье было пройдено до конца, Линк сохраняет выигранный там ключ и может ещё раз сразиться с боссом, если захочет, что ново для игр The Legend of Zelda.

Линк не единственный герой, который связан с изменениями во времени. Вторичные герои имеют график, которому они следуют на протяжении цикла, и многие из них нуждаются в помощи в следовании этому графику. Используя записную книжку, под названием Записная книжка Бомбера (Bombers' Notebook), полученную Линком в Клоктауне, он может следить за графиком множества людей и определять важные моменты, когда он может вмешаться, чтобы помочь. В нужный момент, решая задачи, которые колеблются от обеспечения солдата лекарством до восстановления союза помолвленной пары, Линк может зарабатывать маски и другие полезные вещи. Обычно, определенные события возможны только в определенные дни, и только если остальные события уже случились. Эти события и отражаются в Записной книжке Бомбера.

Также Линк может манипулировать течением времени, изменяя способ игры Песни Времени. Если Линк сыграет каждую ноту дважды, то получиться Песня Двойного Времени (Song of Double Time), и он переместится в начало следующего утра или вечера (6 часов утра или вечера). Если он сыграет Песню Времени наоборот, то получившаяся Песня Перевернутого Времени (Inverted Song of Time) заставит время двигаться в два раза медленнее, увеличивая количество времени вдвое, например, для того, чтобы Линк успел вернуться в Первый День.

Majora’s Mask — не первая игра сериала The Legend of Zelda, в которой делается акцент на времени. В Ocarina of Time есть определенные камни, которые говорят время, если по ним стукнуть мечом, и определенные места, в которых день меняется от утра до вечера. Часы останавливаются, когда Линк входит в город или подземелье. Вдобавок, но только в японской версии игры, есть встроенные часы реального времени, которые влияют на события в игре.

Мелодии

Окарина Времени (The Ocarina of Time), мистический инструмент Линка, играет важную роль в Majora’s Mask. Как и в предыдущей игре, Линк учит магические мелодии от тех, кого встречает на пути, для приобретения специальных способностей: от контроля над погодой до телепортации и путешествий во времени. Каждая тип превращения Линка использует свой инструмент: Деку-Линк играет на дудочке Деку, Горон-Линк играет на барабанах-бонгах, а Зора-Линк играет на гитаре из скелета рыбы.

Самая важная песня в игре — это Песня Времени (Song of Time). Она используется Линком для возвращения в начало Первого дня; это единственный способ, чтобы перезапустить трехдневный цикл и постоянно сохранять прогресс в игре; если проиграть мелодию в обратном направлении, время потечет медленнее; если первые три ноты сыграть дважды каждую, то Линк перенесется вперед во времени, к следующему рассвету или закату (но не к закату Последнего дня, так как это приведет к концу света). Другие мелодии в основном используются для продвижения по сюжету игры, например, открытие нового пути. Элегия Пустоты (Elegy of Emptiness) — уникальная мелодия, потому что она используется как загадка в одном из подземелий. Песня Исцеления (Song of Healing) используется для обнаружения многих предметов, как в основном сюжете, так и в дополнительных квестах. И наконец, такие мелодии, как Песня Полета, существуют для удобства игрока, позволяя осуществлять телепортацию в основные локации и облегчая выполнение множества необычных заданий и доступных дополнительных квестов.