Использование оружия не приветствуется игрой — звук выстрела очень громкий и его могут услышать на большом расстоянии, кроме того для немедленного умерщвления врага необходимо стрелять в голову, что является непростой задачей. Также на уровень игроку выдается малое количество патронов, которые необходимо беречь на крайние случаи. Для боя у Фишера имеется автомат SC-20K с глушителем, который может использовать различные виды боеприпасов (от обычных пуль до шоковых), пистолет с глушителем, несколько видов гранат и мин. Кроме использования оружия Фишер может вывести врага из строя оглушив ударом по шее. Все тела Сэм может уносить и прятать в тени, чтобы их не обнаружили другие охранники. Иногда условия задания лишают Фишера возможности убивать врагов и он вынужден лишь оглушать или усыплять их. Если Фишера все же обнаружили, то охранники поднимают тревогу. После трёх поднятых тревог игра оканчивается.

Для выполнения задач Фишер может использовать свои акробатические умения и экипировку. Сэм может залезать на выступы, карабкаться по трубам, в случае необходимости зависнуть между двумя стенами и т. д. Но не все задачи возможно решить лишь акробатикой. В инвентаре Фишера всегда есть трифокальные очки ночного и инфракрасного видения, отмычки, чтобы открывать запертые двери и оптический кабель для заглядывания под дверь.

Игра довольно линейна и предлагает несколько вариантов решений. Игрок должен просто понять, как наиболее эффективно пройти от одной точки к другой.

Сюжет

2004 год. Игрок берет на себя роль Сэма Фишера — профессионального секретного агента, специализирующегося на скрытном проникновении, который некоторое время назад ушёл на заслуженный отдых. Но АНБ предлагает ему стать оперативником новосформированного подразделения «Третий эшелон». Третий эшелон использует «Разделённые ячейки» (Splinter Cells), агентов-одиночек, способных проводить скрытные операции на враждебной территории.

Персонажи

• Сэм Фишер — главный герой. Опытный ветеран тайных операций, работающий на АНБ.
• Ирвинг Ламберт — связь между Третьим эшелоном и агентами, вроде Фишера. Он контактирует с Сэмом, чтобы сообщить ему новую информацию, задачи или инструкции.
• Вернон Уилкс младший — человек отвечающий за транспортировку и вооружение полевых агентов. Он привозит игрока на место выполнения миссии и позже увозит его в штаб. Погибает от пули русского наёмника в «Калинатеке».
• Анна Гримсдоттир — эксперт по компьютерной безопасности. Она иногда контактирует с Фишером, чтобы сообщить важную информацию.
• Комбаян Николадзе — главный злодей. Он президент Грузии, который желает победить Америку с помощью своих сил и ресурсов. Он начинает технологическую войну против США, но после неудачи уходит в подполье. Фишер убивает его в президентском дворце.
• Вячеслав Гринько — бывший русский спецназовец. Он военный командир Николадзе, который обычно работает с наёмниками. Фишер убивает его на Скотобойне.
• Филлип Массе — канадский хакер. Он снабдил Николадзе необходимыми технологиями для начала информационной войны с США.

Миссии

• Соединённые Штаты Америки США, штат Виргиния, Тренировочная база ЦРУ. 7 августа 2004 года. Доказать, что вы подходите для этой работы.
• Грузия Грузия, Тбилиси, Старый квартал Тбилиси. 16 октября 2004 года. Найти агентов ЦРУ Блостайна и Мэдисон.
• Грузия Грузия, Тбилиси, Министерство обороны Грузии. 16 октября 2004 года. Раскрыть секрет президента Николадзе.
• Азербайджан Азербайджан, Каспийское море, Каспийская нефтяная вышка. 27 октября 2004 года. Получить данные грузинских переговоров.
• Соединённые Штаты Америки США, штат Виргиния, Лэнгли, Штаб-квартира ЦРУ. 31 октября 2004 года. Выследить «Крота» в ЦРУ.
• Соединённые Штаты Америки США, штат Виргиния, Лэнгли, Здание «Калинатек». 1 ноября 2004 года. Достать ключ к шифру.
• Бирма Бирма, Янгон, Китайское посольство в Бирме. 11 ноября 2004 года. Найти связь между Грузией и Китаем.
• Бирма Бирма, Янгон, Mouke Tsoe Bo Meats. 11 ноября 2004 года. Спасти пленных американских солдат.
• Бирма Бирма, Янгон, Китайское посольство в Бирме. 11 ноября 2004 года. Выяснить секрет президента Николадзе.
• Грузия Грузия, Тбилиси, Президентский дворец в Грузии. 13 ноября 2004 года. Найти Комбаяна Николадзе и «Арк».

• Россия Россия, Кольский полуостров, Заброшенная фабрика. 19 января 2005 года. Нейтрализовать Филиппа Масса.
• Россия Россия, Кольский полуостров, Судостроительная верфь. 26 января 2005 года. Найти субмарину.
• Россия Россия, Кольский полуостров, На борту Вселки. 26 января 2005 года. Определить готовность боеголовок.

Версии

Поскольку Splinter Cell разрабатывался сразу для нескольких платформ каждая отдельная версия игры отличается от другой.

Xbox: Xbox-версия игры содержит улучшенное освещение и более детализированные модели. Ролики выполнены на движке игры, тогда как в остальных версиях они представлены в виде видео. Ни одно из дополнений присутствующих в PS2 и GameCube версиях не представлены, но есть возможность закачать через сервис Xbox Live три дополнительных уровня.

ПК: ПК-версия является портом с Xbox и полностью копирует её. Версия отличается возможностью выставить более высокое разрешение, некоторыми роликами в видеофайлах, возможностью сохранения в любой момент и поддержкой клавиатуры и мышки. Бонусов не представлено, но позже появилась возможность отдельно скачать три дополнительных уровня.

Mac: Mac-версия это порт с PC с возможным разрешением 800х600 и всеми роликами в видео формате. Бонусов не представлено.

PlayStation 2: PS2-версия запускается в низком разрешении и обладает гораздо худшей графикой по сравнению с остальными версиями. В качестве бонуса версия обладает новой миссией на электростанции, созданной специально для PS2.

Nintendo GameCube: данная версия имеет более детализированную графику, чем PS2-версия и запускается в том же разрешении, что и Xbox-версия. Присутствует возможность соединения с GBA, в этом случае на GBA выводится карта уровня. Кроме этого GC-версия включает новое оружие в виде липких бомб.

«Пасхальные яйца»

• При первом посещении китайского посольства, кодовой фразой Фишера на встрече со связным является «Яркий холодный день в Апреле» — это первое предложение в книге Джорджа Оруэлла «1984».
• В здании ЦРУ можно найти комнату, содержащую различные вещи на тему НЛО и электронное письмо на компьютере написанное 'Ф. М. ФБР' — ссылка на специального агента Фокса Малдера из сериала «Секретные материалы». Там же на стене висит фотография Джорджа Буша Мл..
• В миссии в Китайском посольстве на площади после канализационного люка можно увидеть советский плакат с русской надписью «Слава красной армии!».