В 1988 году Маккалох вышел из состава группы, чтобы заняться сольной карьерой. Год спустя летом на мотоцикле разбился Пит де Фрейтас. После того, как Оскар, бывший певец группы Colenso Parade отклонил приглашение занять место вокалиста, Паттисон и Сарджент пригласили вокалиста Ноэла Бурка (в прошлом — участника ирландской группы St. Vitus Dance) и барабанщика Дэймона Риса (Damon Reece). Пятым участником коллектива стал клавишник Джейк Дрэйк-Брокман (Jake Drake-Brockman), гастролировавший с составом в течение нескольких лет в качестве приглашенного музыканта и принимавший участие в работе над альбомом 1987 года.

Осенью 1989 года Иэн Маккалох выпустил первый сольный альбом Candleland (#18 UK, #159 U.S.), высоко оцененный критикой. Почти сразу же Echo & the Bunnymen впятером записали Reverberation (1990), который не имел колммерческого успеха и в прессе был встречен сдержанно. В 1992 году группа распалась, а Маккалох продолжил сольную деятельность альбомом Mysterio.

В 1994 году Маккалох и Сарджент возобновили сотрудничество под названием Electrafixion; в 1997 году к дуэту присоединился Паттинсон и трио вернуло себе название Echo & the Bunnymen, выпустив Evergreen. Альбом, записанный при участии London Metropolitan Orchestra, стал (согласно Trouser press) лучшей работой после Ocean Rain, ознаменовав в высшей степени «Элегантное вхождение в средний возраст». Согласно тому же источнику, — «В то время как многие их современники либо умолкли, либо остались жить в ностальгических воспоминаниях, Bunnymen продолжили здесь исследование своей изначальной области вдохновения — рока 1960-х годов — по-прежнему страстно и оригинально». Evergreen имел и коммерческий успех, поднявшись до #8 в UK Charts.

Незадолго до выхода следующего альбома What Are You Going to Do with Your Life? (1999) Лес Паттинсон ушёл из состава, чтобы ухаживать за матерью.

Маккаллох и Сарджент продолжили гастролировать и записываться как Echo & the Bunnymen, выпустив альбом Flowers (2001), в котором (согласно Trouser Press) вновь «включили дополнительные скорости», основными инструментами сделали орган и электропиано и в целом — «вернулись в 1960-е годы», продемонстрировав влияния The Doors, The Byrds, Velvet Underground.

В 2002 году группа получила Q Inspiration Award. — за «вдохновляющую роль». Была отмечена также их роль в развитии мерсисайдской музыкальной сцены. Тогда же вышел Live in Liverpool, концертный диск с записями двух концертов группы в Liverpool of Performing Arts.

Cледующий альбом, Siberia (2005, продюсер Хью Джонс), записывавшийся при участии Пола Флеминга (Paul Fleming, клавишные), Саймона Финли (Simon Finley, ударные) и Пита Уилкинсона (Pete Wilkinson, бас-гитара), критики отметили как самый близкий к «классическому» звучанию группы после возвращения 1997 года. 11 сентября 2006 года Echo & the Bunnymen выпустили новую версию компиляции Songs to Learn and Sing 1985 года, под новым названием More Songs to Learn and Sing, — в двух вариантах: CD с 17 треками и с 20 треками и DVD куда вошли также 8 видео. В том же году второй концертный диск группы, Me, I’m All Smiles (2006), документировал выступление Bunnymen в Shepherds Bush Empire во время гастролей в поддержку Siberia.

В марте 2007 года Bunnymen переподписали контракт со своим старым лейблом Warner Bros.: было объявлено, что они работают над новым альбомом. В январе 2008 Иэн Маккаллох в интервью BBC Breakfast пообещал, что релиз состоится в те дни, когда группа даст концерт в Ройал Алберт-холее в честь своего 30-летия. В апреле стало известно, что название новой пластинки — The Fountain, и что его записывают продюсеры Джон Маклафлин и Саймон Перри,, и что выпуск её откладывается. Альбом вышел 10 ноября 2009 года, и был в целом сдержанно оценен музыкальной критикой.. Первым синглом из него вышел трек «Think I Need It Too».

С августа 2009 года в гастролирующем составе группы наряду с дуэтом лидеров играют Стивен Бреннан (Stephen Brannan, бас-гитара), Горди Гоуди (Gordy Goudie, гитара), Николас Килроу (Nicholas Kilroe, ударные) и Джез Винг (Jez Wing, клавишные). 1 сентября 2009 года бывший клавишник группы Джейк Брокман погиб на острове Уайт после того, как на мотоцикле столкнулся с машиной скорой помощи.

Состав (2007)

• Иэн Маккаллох — вокал
• Уилл Сарджент — гитара
• Стивен Бреннан — бас-гитара
• Горди Гоуди — гитара
• Кэри Джеймс — клавишные
• Николас Килрой — ударные

Дискография

Альбомы

• Crocodiles (1980)
• Heaven Up Here (1981)
• Porcupine (1983)
• Ocean Rain (1984)
• Songs to Learn and Sing (сборник синглов, 1985)
• Echo & the Bunnymen (1986)
• New Live and Rare (японский сборник, 1988)
• Reverberation (1990)
• BBC Radio 1 in Concert (1992)
• Ballyhoo (1995)
• Evergreen (1997)
• What Are You Going to Do with Your Life? (1999)
• Crystal Days: 1979—1999 (4-CD бокс-сет, 2001)
• Flowers (2001)
• Live in Liverpool (2002)
• Siberia (2005)
• More Songs to Learn and Sing (сборник синглов, 2006)
• Me, I’m All Smiles (live, 2006)