Далее Эл занимается своими сайд-проектами (Revolting Cocks, Lard, Acid Horse, PTP, 1000 Homo DJs) и продюсированием таких команд как: Red Hot Chili Peppers, Nine Inch Nails, Anthrax, Gwar, Skinny Puppy.

Psalm 69

В 1991 году выходит сингл «Jesus built My Hotrod» (над ним также поработали Джибби Хэйнс из Butthole Surfers и Майкл Балкх). Клип становится хитом на MTV. Вслед за ним выходит альбом группы — «Psalm 69: The Way to Succeed and the Way to Suck Eggs». (1992) Название взято из одноимённой книги Алистера Кроули. На обложке названия нет, лишь символы и аббревиатура ΚΕΦΑΛΗΞΘ, но его рабочее имя — Psalm 69. В поддержку альбома выходят синглы/клипы «N.W.O» (протест против Джорджа Буша и войны в Персидском Заливе), Just One Fix и уже вышеупомянутый Jesus Built My Hotrod. К коллективу присоединяются гитаристы Майк Скачча и Льюис Свитек. Вместе с успехом, появляются и различные проблемы с общественностью. Эл балуется наркотиками, а всю его шайку обвиняют в сатанизме, аморальном поведении и т. д.

Filth Pig

В 1996 году выходит альбом «Filth Pig». Это Творение получилось самым гитарным и живым за всю историю группы, в то же время и самым медленным. Тут присутствуют и губная гармошка, соло на которой исполнил сам Эл (Filth Pig), и женский вокал (Useless), и мандолины (Reload), рояль (The Fall) и т. д. Запись альбома проходила долго, что видно из разницы в годах выхода Psalm 69 и Filth Pig. Сперва группа покидает студию Wax Trax и направляется в Техас. Там музыканты делают свою домашнюю студию. Но и тут им нет покоя: проблемы с электричеством, привидения, пауки, которых Элу приходилось отстреливать из своего ружья, за хранение которого он мог получить срок в тюрьме. Естественно, в такой обстановке работать трудно, и это сказывается на отношениях в группе. Но все-таки диск был записан. Это не быстрый Psalm 69 с его драйвовым и брутальным звучанием, это некое подобие сладж-метала, которое пришлось многим не по вкусу. В то же время это считается и лучшей работой группы, которая достигает 19-ого места в чарте Billabong. Синглы/Клипы на тот период — «Reload», «The Fall», «Lay Lady Lay» (кавер на песню Боба Дилана) и «Brick Windows».

Dark Side of the Spoon

Далее Эл опять занимается сайд-проектами. На этот раз — Lard. Ministry дают о себе знать лишь в 1999 году. Гитарист группы Уильям Такер совершает самоубийство по причине проблем со здоровьем вследствие чрезмерного употребления наркотиков. Эл и Пол проходят лечение от наркотической зависимости. Легче всех отделался Пол. В память об умершем музыканте выходит альбом «Dark Side of the Spoon»(название — пародия на альбом Pink Floyd — «Dark Side Of The Moon»). С одной стороны — это не «Filth Pig», с другой — это и не «Psalm 69»… Песня «Bad Blood» появляется в саундтреке к первой «Матрице» и её же номинируют на Грэмми в 2000-ом году, но приз достается Black Sabbath.

2000-е

2001 год. Выходит сборник хитов группы — «The Greatest Fits». Стивен Спилберг предлагает Йоргенсену поработать над саундтреком к его фильму A.I. («Искусственный Разум»). По словам Йоргенсена, сперва он посчитал это всё телефонной шуткой, даже аббревиатура A.I. ему показалась расшифровывается как Anal Intruder. Название для песни «What About Us» было получено тоже в результате телефонного разговора. Группа даже появляется в фильме, исполняя вышеупомянутую песню. Появляется клип «What About Us». Как рассказывает Баркер: начало цитаты«У них действительно была огромная куча денег, это была невероятно огромная площадка. Вы конечно можете увидеть это на видео. Было весело. С другой стороны, это означало 12-часовые рабочие дни. Нам надо было быть на площадке в 7 часов утра, а отпустить всех могли только в 7 часов вечера.»конец цитаты