Следующий альбом, "Khronos", вышел в конце лета 2000 года. Непосредственно перед датой релиза группа объявила, что их грядущее творение будет очень глубоким альбомом с ярким влиянием black metal и частичным возвратом к прежнему стилю. Предполагалось, что старый участник группы, Magus Wampyr Daoloth, запишет несколько вокальных партий для этого альбома, но этого так и не произошло, вследствие различных технических проблем и чрезвычайной занятости последнего. "Khronos" содержит чистые black metal треки вроде "Thou Art Blind", "Aeternatus", "Glory Of Sadness", к тому же, весь альбом в целом пронизан атмосферой black metal, которая в большей или меньшей степени отсутствовала на "Sleep of the Angels" и "A Dead Poem". Запись проходила в Abyss Studio, продюсером альбома выступил сам Sakis, а помогал ему в этом владелец студии Peter Tagtgren из Hypocrisy и Pain. Первоначальным названием альбома было "Chronos 666". В треклист этого полноформатника впервые был включен кавер-трек, которым стала исполненная группой классическая композиция Current 93 (британский индустриальный и dark folk проект), "Lucifer Over London". Rotting Christ преобразовали "Lucifer Over London" в очень темную и тяжелую металлическую песню, с фирменным звучанием самих греков. Позже сам основатель Current 93, David Tibet, позвонил Sakis'у, чтобы выразить свою признательность и поделиться впечатлениями от трека. Обложка "Khronos" (созданием которой занимался Spyros “Seth” из Septic Flesh) является визуализацией самого названия группы, изображая распятого Христа далеко не первой свежести.

После выхода альбома Rotting Christ снова отправились в тур по Европе, выступая в роли хедлайнеров, при активной поддержке со стороны Vintersorg, Madder Mortem и Tristania. Это турне снова закончилось выступлением в афинском Rodon Club (билеты на которое были распроданы полностью) и небольшим туром по прочим греческим городам.

В июле 2001 года группа приняла участие в фестивале Rockwave в Афинах, где во второй раз в своей истории делила сцену с такими звездами, как Judas Priest, Megadeth, Savatage, Cradle of Filth и Less Than Human. Этот концерт отметился особо удачным сценическим шоу, однако звук снова оставлял желать лучшего. На следующие полтора года Rotting Christ снова исчезли с поля зрения поклонников, полностью посвятив себя работе над уже седьмым по счету полноформатным альбомом. Единственным исключением стало их выступление в роли специальных гостей, вместе с My Dying Bride, в Лондоне 27 апреля 2002 года.

Альбом вышел в свет в последних днях августа 2002 года, его запись проходила в Stage One Studios, как и в случае с "Triarchy of the Lost Lovers" в 1996 году. Продюсерами альбома были Sakis Tolis и Andy Classen. Названием альбома стало слово с греческими корнями, "Genesis", а обложку украсило воскресшее в первозданном виде старое-доброе лого Rotting Christ. Сама музыка альбома также навевает воспоминания о первых работах группы (особенно сильно это ощущается в треках вроде "Daemons", "Lex Talionis", "In Domine Sathana", "Ad Noctis" и "The Call Of The Aethyrs"), однако содержит и немало новых идей. В итоге, альбом звучит мрачно и жестко, без обилия мелодичных вставок и классических heavy metal элементов, которые появились в музыке Rotting Christ в 1997-1998 года. Комментирует Sakis Tolis:

"Мы взяли греческое слово "Genesis" из Старого Завета, где оно употреблялось как ознаменование рождения Добра, однако вложили в него смысл иной. Для нас это, скорее, рождение Зла. Однако Зла не в том виде, как его описывает религиозное дерьмо, в другом... в другом понимании этого слова."

Всего два года спустя группа завершает работу над новым альбомом, девятый полноформатник в их дискографии носит название "Sanctus Diavolos". На этот раз, Sakis впервые занялся продюсированием альбома самостоятельно, и в результате получилось самое мрачное творение группы за всю ее историю.