В 1999 году Кен покинул коллектив. На место Кена встал гитарист Кевин Халанд. Кори Купер решила остаться в Skillet на постоянной основе. Вследствие текущих изменений состава группы изменился и музыкальный стиль.

1 февраля 2000 года Skillet выпускают альбом Invincible, в котором кардинально изменено звучание коллектива. Качество пост-индастриала в аудиозаписях стало более явным и современным. Как и прежние альбомы, Invincible был записан на Ardent и ForeFront. Аудиозаписи Come on to the future и Invincible попали в саундтрек к фильму Extreme day (Сумасшедшие дни). Сингл Rest попал в пятерку лучших песен года по итогам CHR, а Best Kept Secret получил ротацию на MTV.

После выхода Invincible Трей покинул коллектив, так как он с самого начала не собирался быть постоянным участником группы. На его место приходит барабанщица Лори Петерс, которая уже 15 лет была знакома с Кори Купер, и они играли в группе Alkeme.

В 2000 году на Dove Awards была номинирована песня Locked in a cage с альбома Hey You, I Love Your Soul в категории «лучшая тяжелая песня года», а альбом Hey You, I Love Your Soul был представлен в категории «Лучший современный рок/альтернативный альбом года». Также была номинирована песня Suspended in You с альбома Hey You, I Love Your Soul в категории «Лучшая современная рок/альтернативная песня года».

Помимо своих альбомов, Skillet номинировались в категории «специальный альбом года», за проект Surfonic Water Revival — New Surf Music For The Redeemed Masses, в котором приняло участие большое количество христианских музыкантов. Surfonic Water Revival — New Surf Music For The Redeemed Masses вышел на KMG Records.

В 2001 из Skillet уходит Кевин Халанд. Через знакомство с Кори на место покинувшего коллектив Кевина, приходит Бен Касика. Он играл в Alkeme, где и познакомился с Кори и Лори. Бен всегда хотел присоединиться к группе, и его мечта осуществилась в Skillet.

Alien Youth, Collide (2001—2005)

В 2001 году Джон решил посетить один из концертов Мэрилина Менсона. Джон всегда считал, что Брайан Уорнер (он же Мэрилин Менсон) проводит богохульные концерты с целью самовыражения или просто рекламного трюка. Но когда Джон пришёл на концерт, он изменил своё мнение. Мэнсон выкрикивал оскорбительные для христиан и Бога реплики, на что Джон, находясь в толпе пришедших на концерт, громко выкрикнул: «Чувак, ты просто разрываешь наши сердца!». Следующий альбом Skillet решили написать в духе Marilyn Manson.

В результате альбом Alien Youth оказался ещё более «индастриальным», чем предшественник. Количество распроданных группой копий пересекло границу в 500.000. Skillet стали одной из самых главных христианских групп года. Перед выпуском релиза Skillet отправились в тур, где выступили с такими группами, как Pillar, Benjamin Gate, 38 parallel и Justifide. За период тура на концертах Skillet побывало порядка 200.000 человек.

С 2002 года Skillet собирали новый материал для записи альбома. Первой песней стала A Little More.

Над записью альбома с музыкантами группы поработал Пол Эмберсолд, с которым они трудились над дебютом, и на сей раз в знак признательности за то, что они помогли ему в работе с группой Stir на Capital Records, а также помогли группе Dropline.

Пол сам предложил Skillet перебраться на мейнстрим-лейбл Lava. На момент предложения у Skillet не было достаточно средств на новую аудиостудию, но Пола это не волновало. Он просто сам хотел раскрутить группу, которую любил уже несколько лет.

Для записи альбома Collide. За первую неделю продаж альбом Collide разошёлся тиражом в 10 тысяч копий2013. Аудиозапись Savior продержался на первом месте в хит-параде R&R’s более двух месяцев, и даже на Rock Radio, CMJ и так далее.