25 мая вышел переизданный альбом Collide специально для мейнстрима, с дополнительным треком Open Wounds, который стартовал сразу же со второго места в хит-параде R&R.

Позже Skillet отправились в совместный тур с Saliva.

Весной 2004 года Джон получил премию Dove awards за участие в мюзикле Hero The Rock Opera, постановщиком которого был Эдди ДеГармо. Джон для подготовки к своей роли долго работал со знаменитым Питом Стюартом (Pete Stewart, Grammatrain, The Accidental Experiment). Hero The Rock Opera — одно из главных событий в христианской музыке 2003 года.

В марте 2004 года Skillet отправились в хедлайнерский тур вместе с 12 Stones, Pillar, Big Dismal, Grits, и каждый из этих христианских коллективов, на тот момент, имел контракт с «мажором». Collide стал одним из самых громких событий за последние несколько лет.

Comatose (2006—2008)

На одном из фестивалей в 2006 году группа прямо со сцены анонсировала свой новый альбом «Comatose», который вышел 3 октября 2006 года. Первыми песнями стали «Rebirthing», «Whispers In The Dark» и «The Last Night». Вот что сказал об альбоме Джон Купер: «Как только я оказываюсь на сцене, для меня не важно, сколько человек пришло на концерт, я все равно отдам им все, что смогу. Я постараюсь сделать лучшее шоу, на которое только способен; сумасшедшее шоу. Я взорву их. Думаю, что нам удалось сохранить это чувство на альбоме».

В январе 2008 года Skillet объявили, что Лори Петерс покидает коллектив. Как она сама прокомментировала: «Для меня пришло время начать новую главу в своей жизни». На место Лори в декабре 2007 приходит молодая барабанщица из Англии Джен Леджер (На момент прихода в Skillet Джен было всего 18 лет).

21 октября 2008 года группа выпускает Comatose Comes Alive на CD и DVD (концертная запись 9 мая 2008, Чаттануга, Теннесси). Также концертная запись была показана на телеканале Gospel Music 5 декабря 2008 года.

Тем временем новый альбом стал самым популярным релизом команды, а композиция «Whispers In The Dark» станет визитной карточкой группы. Comatose впервые попала в сто лучших песен Billboard 200 — на 44 место. В 2009 году альбому был присужден золотой статус.

Awake (2009—2011)

Первые упоминания о новом альбоме Skillet появились, когда 12 января 2009 года музыканты отправились на звукозаписывающую студию для записи песен на Грэмми, анонсированных продюсером Говардом Бенсоном. Так же 2 новые песни группы: «Hero» и «Monster», были включены в « Comatose Tour 2009», который состоялся 2 апреля 2009 года.

Альбом «Awake» был выпущен 25 августа 2009 года. Он занял 2 место в хит-параде альбомов (Billboard Top 200). В первую неделю релиза альбома было продано более 68 тысяч копий. На текущий момент данный альбом является самым популярным альбомом группы.

Джон Купер заявил, что «Hero» не была песней для этого альбома. Она была включена в альбом лишь в марте 2010 года. Примерно в это же время, альбом претерпел различные изменения. Так например, в сингле «Monster» добавили рычание, и были добавлены две дополнительные песни «Dead Inside» и «Would It Matter».

Awake имел значительную популярность не только у фанатов Skillet. Аудиозаписи «Hero» и «Monster» попадали в различные телепередачи, становились саундтреками для видеоигр. «Hero» использовалась при рекламе первого футбольного матча NFL 2009 сезона между Pittsburgh Steelers и Tennessee Titans. Так же эта песня является саундтреком видеоигры WWE SmackDown vs. Raw 2010. «Monster» была использована в эпизоде «Jason: The Pretty-Boy Bully» на MTV в «Bully Beatdown». Также она была темой для «Королевская битва (2010)» и «Ад в Клетке».