23 мая 2000 года в интервью и в прямом эфире радио KROQ-FM Билли Корган объявил о решении распустить группу в конце этого года после дополнительного тура и записи альбома. Последний альбом группы Machina II/The Friends & Enemies of Modern Music перед распадом был выпущен ограниченным тиражом на виниле в сентябре 2000 года с разрешениями и указаниями по бесплатному распространению в Интернете поклонниками. Было разобрано только двадцать пять экземпляров, каждый из которых был пронумерован и отдан друзьям группы, включая участников. Выпущенный под покровительством лейбла Constantinople Records, созданного Корганом, альбом состоял из одной двойного лонгплея и три десятка синглов. Первоначально группа предложила фирме Virgin предоставить альбом Machina II для бесплатного скачивания всем тем, кто купил первую часть. Когда лейбл отказался, Корган решил выпустить материал самостоятельно.

2 декабря 2000 года The Smashing Pumpkins отыграла свой прощальный концерт в клубе Metro Chicago, ​где началась их успешная карьера двенадцать лет назад. Почти пятичасовое выступление состояло из 35 песен, охватывавшие всю карьеру группы, а после него посетителям заведения участники группы раздали запись своего первого концерта The Smashing Pumpkins discography. Сингл Untitled (The Smashing Pumpkins song), выпуск которого совпал с прощальным шоу, стал коммерчески успешным.

После распада (2001—2005)

20 ноября 2001 года был выпущен сборник Rotten Apples. Двухдисковая версия альбома, выпущенная , включала в себя компиляцию под названием Judas O. В это же время ограниченным тиражом был также выпущен DVD под названием The Smashing Pumpkins – Greatest Hits Video Collection (1991–2000), который включал все промо-видео, начиная с альбома Gish и заканчивая Machina/The Machines of God вместе с неизданным материалом. В 2002 году на DVD в качестве саундтрека к Vieuphoria был выпущен альбом Earphoria, издававшийся в 1994 году исключительно для радиостанций.

Билли Корган и Джимми Чемберлин воссоединились в 2001 году в качестве членов супергруппы Коргана под названием Zwan. Единственный альбом группы, Mary Star of the Sea, был выпущен 28 января 2003 года. После отмены нескольких выступлений Корган в 2003 году объявил о распаде группы. Также в 2001 году Корган гастролировал в составе группы New Order и участвовал в записи их альбома под названием Get Ready. В октябре 2004 года Корган выпустил свою первую книгу — сборник стихов Blinking with Fists. В июне 2005 года он выпустил сольный альбом TheFutureEmbrace, который Корган охарактеризовал «как сбор по ниточкам незавершенной работы Smashing Pumpkins». Альбом встретил смешанные отзывы критиков и имел скудные продажи. Был выпущен только единственный сингл в поддержку альбома — Walking Shade.

Помимо работы в группе Zwan, Джимми Чемберлин сформировал альтернативную рок/джаз-фьюжн группу под названием The Jimmy Chamberlin Complex. В 2005 году группа выпустила альбом под названием Life Begins Again. В качестве гостя Корган принял участие записи трека Lokicat. Джеймс Иха после распада Smashing Pumpkins стал гитаристом группы A Perfect Circle, появившись в туре под названием Thirteenth Step и на альбоме eMOTIVe (album) в 2004 года. Джеймс также участвовал в других проектах, такими как Team Sleep под руководством Чино Морено и группе Vanessa and the O's. Он продолжает работать на своём собственном лейбле, а также на Scratchie Records. Д’арси Рецки, кроме интервью 2009 года, не делала никаких публичных заявлений или выступлений после ухода из Smashing Pumpkins в 1999 году. 25 января 2000 года она была арестована после того, как якобы приобрела три мешка кокаина, но после успешно освоенной образовательной программы по наркотикам, постановленной судом, обвинения были сняты.