1 апреля 2002 года вышел третий альбом, «Четырнадцать недель тишины». Альбом встретил полярные мнения у критиков. Дмитрий Шпакович в Music.com.ua дал альбому высший балл и писал: «Тишина, длившаяся целых 14 недель, наконец-то нарушилась и обернулась цельным куском великолепной музыки». Алексей Мажаев из Intermedia дал отрицательную оценку альбому. «Новая пластинка Земфиры вновь доказала её высокий потенциал, который, увы, был израсходован в основном на попытки доказать, что она серьёзный музыкант», — посчитал журналист. Из альбома были выпущены такие успешные синглы, как «Бесконечность» и «Трафик» и в итоге он стал очередным бестселлером артистки. По словам Алёны Михайловой, только за первый день продаж было раскуплено 180 тысяч экземпляров аудиодисков альбома, что являлось рекордным уровнем на то время. К июлю 2002 года российский тираж альбома превысил миллион экземпляров. По информации Real Records, было реализовано 700 тысяч кассет и 300 тысяч компакт-дисков. Помимо этого, на Украине было продано 150 тысяч дисков и 300 тысяч кассет. «Четырнадцать недель тишины» был номинирован на премию «Рекордъ» 2003 года в номинации «Альбом года».

В июле Земфира выступила на «Мегахаусе». В августе певица выступала в поддержку альбома на фестивале «Нашествие». Гастрольный тур в поддержку новой пластинки стартовал 4 апреля в Челябинске. 26 августа в уфимском Дворце спорта состоялся концерт в честь дня рождения певицы.(На концерте состоялась премьера клипа на песню «Мачо». Телепремьера его состоится в сентябрьском эфире. Земляки Земфиры стали первыми зрителями нового клипа на концерте, который прошёл в Уфимском Дворце спорта).

В апреле 2003 года артистка выступила на церемонии вручения музыкальных наград журнала Fuzz, где получила две награды — в номинациях «Лучшая live-группа» и «Лучшее видео» (за видеоклип к песне «Бесконечность», режиссёр Виктор Вилкс). На церемонии Земфира исполнила три песни, в числе которых были «Лондон» и не опубликованная ранее «Ты продаёшь мою любовь». «Четырнадцать недель тишины» победил в номинации «Альбом года» на Премии Муз-ТВ 2003. В этом же году Земфира стала лауреатом российской независимой премии «Триумф» за 2003 год (молодёжная премия) за достижения в области литературы и искусства.

2004—2006: Альбом «Вендетта»

В 2004 году Земфира поступила на философский факультет Московского государственного университета. Во время первой зимней сессии она взяла академический отпуск в связи с записью нового альбома, однако на факультете не восстановилась и была отчислена в августе 2006 года. 16 октября, на церемонии MTV Russia Music Awards 2004 года, Земфира исполнила дуэтом с группой Queen знаменитую композицию «We Are The Champions».

На рок-фестивале «Максидром» в 2004 году, вместе с Ильей Лагутенко, Земфира исполнила песню «Медведица», что было признано самым ярким выступлением за всю историю фестиваля. Сама Земфира тоже преобразилась: вышла в ярком платье и туфлях на высоком каблуке. Сама она комментировала этот наряд: «Мне понравились каблуки — это очень сексуально. Возможно, это новая эра в моем локальном масштабе». После этого перфоманса Земфира исполняла свои песни, а также аккомпанировала Корнею во время исполнения песни «Воздух».