В начале 70-х годов Анненский сближается с кругом «Отечественных записок», но печататься там начинает лишь в конце 70-х годов. На квартире поэта А. А. Ольхина («Ольхинский клуб») он познакомился с Н. К. Михайловским, оказавшим значительное влияние на мировоззрение Анненского и определившим его журналистское призвание, и с Глебом Успенским.

В 1900 году Анненский сформулировал предпосылки и источники своего мировоззрения: крестьянская реформа, университетская наука и журналистика (некрасовский «Современник»). В 1873 году Анненский сдаёт экзамен по филологическому факультету Киевского университета на кандидата историко-филологических наук. Тогда же он начал работу статистика в Министерстве путей сообщения (работал по 1880 год), представлял Россию на международных конгрессах статистиков в Будапеште (1877 год) и в Риме (1878 год). До этого в 1875 году он присутствовал на заседании Юрской секции анархистского Интернационала.

На рубеже 1880-х годов

По свидетельству жены Н. Ф. Анненского — А. П. Анненской, — много статей в подпольных изданиях «Земли и воли» и «Народной воли» «обсуждались и составлялись при его участии», и по сведениям В. Г. Короленко, в конце 70-х гг. литературное имя Николая Анненского получило «почётную известность» среди литераторов и журналистов.

После выстрела А. К. Соловьёва в Александра II Анненский был вторично арестован в июне 1879 года, однако вскоре был выпущен под залог в 10 тысяч рублей. По сведениям жены, сам Анненский был противником террора, уповая на долговременную пропаганду среди народа социалистических идей.

В феврале 1880 года он вновь арестовывается по приказу М. Т. Лорис-Меликова за свою политическую неблагонадёжность. В Вышневолоцкой тюрьме Анненский познакомился с В. Г. Короленко, дружеские отношения с которым сохранил до последних дней. В мае 1880 года он был препровождён по этапу в Западную Сибирь, в г. Тару, Тобольской губернии, где пробыл до конца февраля 1881 года. После этого он поселился в Свияжске, а затем в Казани.

Помимо «Отечественных записок» («Экскурсии дельцов в область научных интересов») радикальный журналист много публикуется в «Деле» («Очерки новых направлений в экономической науке»), «Вестнике Европы», в «Волжском вестнике».

Народник-статистик

С 1883 года Анненский возглавлял статистическую работу казанского губернского земства. Здесь он организовал экспедицию для исследования территорий, пострадавших от неурожаев более всего. Дано оценочное состояние 4 уездов. В оценочных работах делался акцент на детальном учёте землевладения и обосновании определения урожайности в зависимости от почв и удобрений.

Успешная статистическая деятельность Анненского вызвала интерес его коллег в Нижегородской губернии. В конце декабря 1886 года его приглашают возглавить Оценочно-статистическое бюро Нижегородского земства для подробного поуездного изучения экономического состояния губернии. Цель создания этого органа заключалась в формировании наиболее равномерной и справедливой раскладки земских сборов.

В 1887 году он переехал в Нижний Новгород и до 1895 года руководил статитстическим отделением нижегородского губернского земства, придав местной статистике практически-народническое направление. По инициативе Анненского в 1887—1890 годах был проведён детальный анализ доходности всех земельных угодий Нижегородской губернии. Одновременно была проведена тщательная подворная перепись крестьян, собрана информация о состоянии подсобных промыслов, грамотности населения.