Анненский стал создателем метода оценки земель, учитывавшим состояние почв совместно с экономическими факторами, этому способствовала его совместная работа с выдающимся почвоведом Н. М. Сибирцевым. Как рассказывал позднее И. А. Бунин, в Харькове среди местной радикальной интеллигенции пользовался славой «знаменитый статистик Анненский, имя которого произносилось с неизменным восхищением».

Причины известности Анненского крылись в том, что в Нижегородской губернии постановка статистических работ была доведена до такого высокого уровня, при котором силами местной статистики оказалось возможным предсказать потери от надвигающегося неурожая, организовать предварительный закуп дешёвого зерна и тем самым приглушить последствия неурожая 1891 года. Николай Фёдорович принимал участие в подготовке статистических сборников по Казанской губернии, «Материалов к оценке земель Нижегородской губернии. Экономическая часть». (Нижний Новгород, 1888—1900).

Н. Ф. Анненский организовал целую школу нижегородской земской статистики. Под его руководством сформировался круг талантливых статистиков-нижегородцев (О. Э. Шмидт, Н. М. Кисляков, М. А. Плотников, Н. И. Дрягин, Д. В. Константинов). Он инициировал обмен информацией с местными жителями из числа грамотных крестьян и священников с целью получения предварительной информации о состоянии будущих урожаев.

В Нижнем Новгороде Анненский возобновил знакомство с В. Г. Короленко. Вдвоём они стали неким притягательным культурным центром для разрозненных кружков местной интеллигенции. В 1892—1893 годах Анненский вместе с Короленко принимают деятельное участие в борьбе с голодом. «Новые Минин и Пожарский из Нижнего», как в шутку их называли коллеги-журналисты, выступили в журнале «Русская мысль» в 1892—1893 годах с циклом заметок «Текущая жизнь» под совместным псевдонимом Провинциальный наблюдатель. Помимо «Русской мысли» Анненский публикуется также в «Русских ведомостях».

Наряду с В. Г. Короленко и Н. К. Михайловским Анненский был в числе инициаторов нелегального совещания партии «Народное право» в Саратове в июне 1893 года.

Журнал «Русское богатство»

В 1894 году Н. К. Михайловский пригласил Анненского и Короленко принять участие в журнале народников «Русское богатство». Они по-прежнему выступали вдвоём под совместным псевдонимом О. Б. А., (цикл «Случайные заметки»), а также самостоятельно. Анненский вёл в журнале с 1894 года «Хронику внутренней жизни», библиографию. В эти годы он уже именитый представитель либерального народничества и весьма деятельный член редакции журнала.

После смерти Михайловского в 1904 году Анненский возглавил литературный комитет (председатель редакционной коллегии) «Русского богатства». Им написан «Краткий исторический очерк товарищества по изданию „Русского богатства“». Многолетний сотрудник журнала и один из членов его литературного комитета П. Ф. Якубович называл его «незаменимым цементом в журнале» (письмо к Короленко от 4 февраля 1909 — ГБЛ). Анненский «связывал нас с широким литературным миром» по характеристике ещё одного авторитетного сотрудника журнала А. В. Пешехонова (письмо Короленко от 10 октября 1912 — ГБЛ).

Редакционно-журналистская деятельность в журнале потребовала переезда Анненского в столицу, он стал возможен в 1895 году. Окончательно же он покинул Нижний Новгород в марте 1896 года. Однако публицистическая деятельность продолжалось параллельно с прежней работой в качестве статистика. В 1896—1900 годах он возглавлял статистический отдел Петербургской городской управы, принял участие в подготовке «Статистического ежегодника Санкт-Петербурга» (1898—1900).