За время своего заключения Пророк получает телепатическую информацию об угрозе, исходящей от т. н. альфа-цефалопода — носителя инопланетного сверхразума, координировавшего действия сил вторжения. Указанная сущность также избежала уничтожения в ходе событий второй части игры и по-прежнему представляет опасность; Пророк видит свою задачу в ее ликвидации. Повстанцы, в свою очередь, намерены использовать протагониста в целях избавления от диктатуры C.E.L.L. путем вывода из строя ключевого энергетического источника корпорации, могущество которой в значительной степени построено на монопольной глобальной торговле энергией. Впоследствии протагонист узнаёт, что упомянутый выше альфа-цефалопод был использован корпорацией в качестве живого реактора.

Уничтожив гидроэлектростанцию и обесточив защитные контуры энергетического центра, Пророк проникает в зал управления и выполняет его аварийное отключение. При попытке системы активировать резервное питание альфа-цефалопод пробуждается и вырывается на свободу; коллективный разум инопланетных захватчиков восстанавливается, и вторжение возобновляется. Протагонист начинает изучать специфику сверхразума, вступая в активный контакт с телепатическими ретрансляторами цефалоподов; сохранив самоконтроль, он одновременно приобретает способность взаимодействовать с инопланетными аккумуляторами и, поглощая их энергию, приобретать временную неуязвимость.

Тем временем C.E.L.L., не имея иной возможности справиться с новой волной инопланетного вторжения, активирует орбитальную систему массового уничтожения под кодовым наименованием «Архангел», наводя ее на Нью-Йорк. Мощность данного орудия достаточна не только для истирания в пыль города, но и для нанесения существенного ущерба планете в целом; желая предотвратить вероятную катастрофу, протагонист прорывается в центр управления системой и отключает ее. Тем самым, однако, устраняется наиболее существенная угроза для альфа-цефалопода, который получает возможность беспрепятственно сформировать трансгалактический мост для вызова основного массива вооруженных сил с родной планеты.

Совместными усилиями Пророк и Псих подавляют технику цефалоподов вблизи моста, однако затем особо сильное сопротивление вынуждает Психа покинуть бой, и Пророк продолжает движение к мосту самостоятельно. Достигнув основания моста, протагонист вступает в противостояние с альфа-цефалоподом; к концу боя Псих возвращается, отвлекает внимание антагониста, и Пророк, пользуясь моментом, наносит завершающий удар. Транспортно-ударное воздушное судно Психа при этом, однако, терпит крушение; пытаясь помочь ему, протагонист срывается с обрыва и попадает в энергетический поток моста, который выбрасывает его в околоземное космическое пространство.

Хотя альфа-цефалопод уничтожен, один из крупных кораблей инопланетян все же успевает пройти по мосту прежде его разрыва. С помощью возможностей костюма Пророку удается достичь «Архангела», который все еще находится на орбите, развернуть орудие и открыть огонь по противнику. Корабль гибнет, и угроза со стороны цефалоподов тем самым окончательно ликвидируется. Протагонист же отправляется обратно на Землю; броня костюма оказывается достаточно прочной, чтобы не позволить ему сгореть в атмосфере, и в конце концов Пророк падает в море возле Лингшана. Нанокостюм в итоге приобретает возможность принимать любой внешний вид и форму по усмотрению оператора, фактически сливаясь с Пророком в одно целое.