Игра начинается с того, что Сэм помогает доделать вагонетку, которая будет перевозить Обелиск (на этой вагонетке игрок привозит его обратно в игре Dead Space). Затем песчаная буря сбивает одну из радио антенн и герой должен починить её. После того, как он и ещё двое шахтеров войдут в нужное помещение, на них начнут нападать сошедшие с ума шахтеры. В дальнейшем они починят систему подачи кислорода, которую пытались поломать ополоумевшие люди. В конце Сэм будет убит прибывшим на место отрядом P-sec, в котором будет находиться и детектив Натан Макнейл. По ходу игры Сэм будет воспринимать воздействие Обелиска в виде голосов и галлюцинаций. В конце концов прибывший отряд P-sec застрелит его, так как окажется, что люди, которых он убивал, были нормальными, а всё, что он видел, всего лишь плод его воображения.

Натан Макнейл (Nathan McNeill) — P-sec офицер, должность детектив. В начале игры убивает Сэма Колдуэлла. Один из трёх выживших. Друг Гейба Вейлера.

Игра за него начинается со второго уровня. Натан читает файл, связанный с делом Сэма. Однако скоро прилетают офицеры P.C.S.I. Sec (служба корабельной безопасности) для эвакуации тел из морга на «Ишимуру». Натану Макнейлу приказано отвести Гейба Эллера и одного из его помощников, новичка Каркландса. По прибытию в морг они обнаружили исчезновение тел. В дальнейшем из-за разлома планеты пропадает энергия по всей базе, а Натана и офицеров атакуют сошедшие с ума люди. Первым был доктор этого морга. Так как энергии и связи нет, а колония полна сумасшедших, то они решают добраться до штаб-квартиры ПланБеза (P-sec). Однако из-за того, что не работает лифт, идти им придётся через научный сектор. По пути они находят доктора взявшего в заложники двоих ученых. Натан вступил в переговоры, но доктора пришлось убить. Далее они разделятся: Гейб и Кокланд пойдут в штаб, а Натан останется охранять двоих учёных. Однако их так же охватило безумие и ему пришлось убить их.

По пути в штаб-квартиру ПланБеза он видит массовые самоубийства и убийства, совершённые сошедшими с ума людьми. Далее он находит новичка и Гейба рядом с штаб-квартирой P-sec. Они решают забаррикадироваться там. Затем они идут в комнату управления, где по дороге на них нападет первый некроморф. Перед этим по радиосвязи один из офицеров по имени Джонс предупредит о том, что убить их можно, только уничтожив конечности. По прибытию в комнату управления они видят как один из некроморфов убивает офицера P-sec, затем после короткой схватки с инопланетными организмами, находят Лексин Мёрдок (Lexine Murdoch). После небольшого брифинга они решают направиться к шаттлам, где их будут ожидать солдаты Бейнз и Хатчинз (два сотрудника SSTF, входящие в команду Гейба). По дороге к шаттлам они впервые столкнутся с инфектором на площади.

По достижению посадочного отсека, они видят как происходит крушение шаттла, которое уничтожает переход в отсек для посадки на шаттлы. Там же будет найден Уоррен Экхард - исполнительный директор по добыче ресурсов, несколько дней назад прибывший с «Ишимуры». Он рассказывает главным героям о том, что на планете есть еще челнок.

Для того, чтобы до него добраться, им приходится спуститься в канализацию, где они находят еще одного выжившего инженера и сталкиваются с некроморфом прыгуном.

По пути группа обнаруживает, что все стены канализации обвиты странной субстанцией, также об обнаружении данного вещества сообщит офицер Хатчинз. А чуть позже Лексин Мёрдок попытается схватить одно из щупалец Разума Роя, но благодаря меткости игрока, щупальце отступит. Оно вернётся чуть позже, чтобы схватить выжившего инженера.