Имена

В оригинальной англоязычной версии игры имена некоторых персонажей пишутся в соответствии с распространённой англоязычной традицией — в виде двух букв, раздельное произношение которых образует имя. Наиболее заметный такой персонаж — JC Denton. JC произносится как «Джей Си» и образует имя Джейси. Другой пример — NG Resonance: произносится как «Эн Джи», образуя имя Энджи.

Действие

Действие игры происходит спустя 20 лет с момента окончания первой части, т.е. в 2072 году. Сценаристы объединили все три сюжетные концовки первой части: Джей-Си Дентон объединился с искусственным интеллектом, его действия привели к полному Коллапсу мирового общества, вследствие чего несколько фракций стали мировыми силами. К этим фракциям относятся: Всемирная торговая организация (ВТО), превратившая многие оставшиеся метрополии в города-государства; Орден — религиозная организация, создавшая новую мировую религию на основе всех других основных религий и социополитических принципов; Тамплиеры, требующие полный отказ от биомодификаций; Омары — общество полностью биомодифицированных людей, соединённых в одну личность и являющихся лидерами мирового чёрного рынка; Корпорация Апостол, ищущая способ помочь Джей-Си Дентону биомодифицировать человечество, уравнивая всех людей. Как и подобает теориям о заговорах, некоторые из мировых фракций оказываются тайно объединены — Тамплиеры являются радикальной фракцией Ордена, а ВТО и Орден управляются Иллюминатами.

В отличие от первой игры, где Маджестик-12 являлась явно отрицательной организацией, Invisible War не имеет точного разделения на добро и зло; это разделение устанавливает сам игрок в соответствии со своими взглядами на мир.

Сюжет

Для простоты, Алекс Д будет описан как мужчина, хотя в начале игры пол персонажа можно выбрать самостоятельно.

Главный герой, Алекс Д, начинает игру вскоре после того, как сбегает от террористической атаки, уничтожившей город Чикаго. Алекс, вместе с кадетами Билли Адамс, Лео Джанковски, Кларой Спаркс и лидерами проекта эвакуируется в здание корпорации Тарсус в Сиэтле.

Доктор Лейла Нассиф не рассказывает о причине атаки на Чикаго, но вскоре на базу нападают силы Ордена. С Алексом связывается Билли Адамс. Она сообщает, что является тайным членом Ордена, и что программа Тарсус является опытом по тестированию биомодов, а кадеты — подопытными кроликами. Она убеждает Алекса сбежать и встретиться с Орденом в Нижнем Сиэтле. Но доктор Нассиф просит Алекса оставаться верным Тарсусу.

После побега с Алексом связывается глава безопасности ВТО Донна Морган, которая приказывает ему встретиться с ней в воздушном терминале ВТО. Она велит ему обыскать квартиру министра культуры Сиэтла, которого подозревают в нелегальной торговле оружием. Там же Алекс узнаёт, что Клара Спаркс работает на ВТО. Адамс также просит Алекса проверить квартиру доктора Нассиф (в том же здании). В ходе осмотра Алекс выясняет, что Нассиф причастна к делам министра культуры.

На пути в комплекс Ордена в Нижнем Сиэтле Алексу предстоит устранить утечку токсичных отходов в Инклинаторе — огромном лифте, соединяющем две части города. В Нижнем Сиэтле Лин-Мей Чен (Высший Авгур и правая рука Её Святейшества) сообщает Алексу, что группа, посланная в Тарсус для «освобождения», предала Орден, и просит Алекса узнать, что с ними случилось. Возле Инклинатора Алекс узнаёт, что предатели присоединились к Тамплиерам, чьи способы борьбы являются более радикальными, нежели мирный подход Ордена. Он также узнаёт, что Тамплиеры заказали новое сверхоружие под названием Маг Рэйл у компании Мако Баллистикс, находящейся на краю города Сиэтла. ВТО хочет заполучить это оружие, а Орден хочет уничтожить его создателя. Обе организации просят Алекса полететь на фабрику для выполнения их инструкций.