В поисках пилота Алекс может спасти женщину по имени Эва Джонсон в воздушном терминале ВТО, и она в знак благодарности будет возить его бесплатно, либо нанять Сида Блэка в баре «Яма Гризеля» в Нижнем Сиэтле, предварительно освободив его летательный аппарат от гангстера Софии Сак.

На фабрике, Алекс встречается с директором проекта Тарсус Стэном Карнеги и узнаёт, что доктор Нассиф улетела в Каир, где находится один из филиалов Корпорации Апостол. Игрок может закончить задание, украв тестовый образец Маг Рэйл для одной из организаций (что обозлит другую) или убив создателя этого уникального оружия.

В Каире Аркология процветает под контролем ВТО, но воздух внешней Медины заражён нано-вирусом под названием Чума-11. Алекс встречает Лео Джанковски, который нанялся охранником к Омарам, и раскрывает действия Тамплиеров в Аркологии, включая возможный рейд на Омаров. Последняя крепость Тамплиеров в Каире находится в каирском отделении Корпорации Апостол, где Алекс, поддерживаемый Кларой Спаркс, допрашивает доктора Нассиф (или без разговоров убивает её по приказу Ордена — такой вариант действий Кларе не понравится) и узнаёт, что директор каирского отделения (который позднее оказывается Полом Дентоном) захвачен в плен Тамплиерами. Но один из основателей, Трэйсер Тонг, все ещё на свободе — в Трире, где как раз проходит встреча высших чиновников ВТО и Ордена. Алекс также узнаёт, что его настоящее имя — Алекс Дентон, и он является вторым клоном Пола Дентона (первым был Джей-Си).

В Трире Алекс встречается с Тонгом и узнаёт о «Великом Продвижении», которого добивается Корпорация Апостол. Оказывается, Корпорация Апостол была основан Трэйсером Тонгом и Полом Дентоном после катастрофического слияния Джей-Си Дентона с Гелиосом, что привело к Коллапсу. Они стремились разработать универсальную структуру биомодов, которая бы работала для всех людей. Пол Дентон был одним из первых подопытных, но опыт провалился, и он впал в кому, после чего был заморожен в криогенной камере в Каире, где его и захватили Тамплиеры. Сам Джей-Си, продолжающий оставаться в нестабильном состоянии, ждёт излечения в Антарктике. В убежище Джей-Си можно попасть только через телепорт, пропускающий лишь тех, в ком есть ДНК Дентонов, в заброшенных лабораториях Блэк Гейт, но территория является крепостью Тамплиеров. Тонг также раскрывает, что Тамплиеры похитили главу Ордена, «Её Святейшество», и содержат её в лабораториях. Чад Дюмье, глава ВТО, просит Алекса спасти её.

Алекс успешно проводит операцию по вызволению женщины и узнаёт, что «Её Святейшество» — на самом деле Николетта Дюклэр. Она и председатель Дюмье являются главами теперешней инкарнации древнего ордена Иллюминатов; ВТО и Орден являются лишь двумя различными рычагами достижения власти над миром. Алекс понимает, что Иллюминаты хотят оживить Джей-Си Дентона и использовать его в своих целях. Корпорация Апостол хочет сделать то же самое, чтобы создать истинно-демократическую пост-человеческую цивилизацию, управляемую Гелиосом с помощью универсальных биомодов. Тамплиеры хотят уничтожить Джей-Си и всех биомодов. Забрав украденный секвенсорный модуль из местной церкви Тамплиеров, Алекс телепортируется в убежище Джей-Си.

Там Алекс ремонтирует ячейки памяти Гелиоса, используя свою универсальную архитектуру биомодов. Он также путешествует в памяти Джей-Си по некоторым местам из первой игры, таким как квартира Мэгги Чоу в Гонконге, офис Джозефа Мандерлея в UNATCO, спальня Хуана Лебедева на его Boeing 747, и место рождения Джей-Си в Зоне 51. В последнем пункте Алекс встречается с Билли Адамс, работающей на Тамплиеров. Если оставить её в живых, то она опять появится в последнем уровне. После ремонта Гелиоса, Джей-Си описывает свою философию и видение будущего мира. Он инструктирует Алекса отправиться в Каир, спасти Пола Дентона из рук Тамплиеров и вывести его из комы.

В Каире Дюмье связывается с Алексом и приказывает ему убить Пола. Он также берёт в плен Клару Спаркс, чтобы Алекс не подумал ослушаться. Алекс также встречает Лео Джанковски, которого Омары собираются сделать себе подобным — похоже, против его воли. Лео — противник всех фракций в игре; этим можно воспользоваться и устроить так, чтобы он присутствовал на Острове Свободы в Нью-Йорке. Лидер Тамплиеров Саман связывается с Алексом и просит его сдать часть крови их доктору в ангаре 24 (там же, где они содержат Пола). Последовав этому приказу, Алекс может присоединиться к Тамплиерам, причём Иллюминаты и Корпорация Апостол будут недовольны таким решением. Отказ вызывает битву между Алексом и Тамплиерами. Также можно отказаться дать кровь, но всё-таки убить Пола Дентона, отключив его системы жизнеобеспечения, или спасти его.

Действие последней главы истории происходит на Острове Свободы, начальной точке первой игры. В результате деятельности Джей-Си Остров теперь заморожен, а разбитая Статуя Свободы была воссоздана нанотехнологиями Джей-Си как скульптура из света. Все фракции имеют базы на острове и просят Алекса передать им информацию с сервера Аквинского. Если Лео присутствует на острове, то он даёт Алексу четвёртый вариант действий — убить всех лидеров; если его нет, то это сделают Омары. Конец игры зависит от того, кому Алекс пошлёт информацию, и кто из лидеров останется в живых.

Концовки

• АпостолКорп — Великое Продвижение: передать информацию в руки АпостолКорп; Джей-Си должен выжить, и Алекс должен ступить в машину Джей-Си внутри Статуи. Результат: Видение Джей-Си становится реальностью; коллективный разум человечества под управлением Гелиоса делает мир совершенной демократией.
• Иллюминаты — Век Света: передать информацию в руки Иллюминатов; Дентоны должны быть мертвы; Чад и Николетта должны выжить; машина Джей-Си должна быть разрушена. Результат: Мир становится положительной диктатурой под правлением Иллюминатов.
• Тамплиеры — Потоп: передать информацию в руки Тамплиеров; Саман должен выжить; Дентоны должны быть мертвы; Алекс должен ступить в машину Джей-Си. Результат: Биомоды уничтожены Алексом, воцаряется религиозный тоталитаризм под правлением Тамплиеров.
• Омары — Выжженная Земля: всё равно кому попадёт информация; все лидеры должны умереть; машина Джей-Си должна быть уничтожена. Результат: Омары, будучи более живучими и приспособленными, захватывают мир; остальное человечество вымирает из-за постоянного хаоса и войн.

Саундтрек

Четырнадцать главных треков для Invisible War были составлены композиторами из Ion Storm — Александром Брэндоном и Тоддом Сайммонсом. Все они были опубликованы на официальном сайте игры для свободного скачивания в апреле 2004 года.

Кроме того, песни вымышленной поп-звезды Энджи Резонанс, присутствующие в Invisible War, на самом деле являются подлинными композициями индустриальной рок-группы Kidneythieves. Сама Энджи также озвучена вокалисткой этой группы, Фри Домингез. Все песни, присутствующие в игре, вошли в первый альбом группы, Trickster, выпущенном 28 июля 1998 года студией Push Records.