В самом начале игры Беккет испытывает галлюцинацию, показывающую разрушенный город, где он видит, как рядом идёт Альма. Как только он возвращается в реальность, команда Беккета добирается до комплекса пентхаусов, где живёт Аристид. Оказывается что на комплекс напали чистильщики, посланные Советом директоров «Армахем Технолоджи». После спасения Аристид, Беккет раскрывает назначение проекта, известного как «Предвестник», в который оказываются вовлечены он сам и несколько его товарищей по команде. Аристид утверждает, что Беккет и его команда — единственный способ остановить Альму, но прежде, чем она успевает реализовать идею, Оперативник из первой части игры F.E.A.R. взрывает реактор «Склепа». Беккет поражён взрывной волной и теряет сознание.

Придя в себя, Беккет обнаруживает, что на нём проводит операцию бригада врачей под руководством Аристид и начинает видеть больше видений Альмы. Как только главный герой снова приходит в сознание, он оказывается в больнице, расположенной глубоко под землёй вместе с остальной частью его команды. Госпиталь атакует команда зачистки «Армахем» во главе с полковником Ричардом Вэнеком, и Беккет должен бороться с ней, чтобы пробиться к выходу. Во время побега, Беккет получает советы по рации от человека, который называет себя «Змеиный Кулак». Тот говорит, что Альма — мать апокалипсиса. Во время продвижения по госпиталю, последовательно погибают два члена вашей команды. После ухода из больницы и противостояния с командиром отряда Вэнеком, Беккет сражается с заново активированными клонами. Пока он пробивается на поверхность, против него также неоднократно пытается провести физическое насилие Альма, но в рукопашном бою терпит поражение. Это «Змеиный Кулак» объясняет как попытку «поглотить» Беккета, который после проведённой над ним операции излучает мощную телепатическую ауру, привлекающую Альму.

Выбравшись на поверхность, Беккет встречается с теми, кто остался из его команды, так как многие из отряда были последовательно убиты Альмой (к тому же перед встречей с отрядом Альма поглотит вашего командира старшего сержанта Гриффина). Теперь отряд состоит только из самого Беккета, старшего лейтенанта Стокс, сержантов Моралеса и Кигана. Команда продвигается в окрестности школы имени Уэйда, взятой под контроль силами «Армахем Технолоджи» и где скрываются «Змеиный Кулак» и Аристид, стремящаяся отобрать у него данные для настройки установки на Стилл-Айленд для удержания Альмы. Достигнув подвала, Беккет обнаруживает, что под школой скрыт очередной исследовательский центр «Армахем Технолоджи» для проекта, известного как «Парагон». Там Беккет находит данные, что проект «Предвестник» был попыткой создать ещё больше командиров-телепатов, подобных Пакстону Феттелу. При этом Беккет и Киган были самыми многообещающими кандидатами. В то же время, проект «Парагон» предназначен, для того чтобы подготовить телепатически одарённых детей, которые будут работать на «Армахем» в будущем.

В основании исследовательского центра «Змеиный Кулак» называет себя настоящим именем Терри Хэлфорд, он представляется как исследователь, работающий на «Армахем Технолоджи», и объясняет, что единственный способ победить Альму состоит в том, чтобы отправиться на базу «Армахем», расположенную в ядерном реакторе на Стилл-Айленд. Именно там располагается телестезический усилитель. С его помощью Беккет должен победить Альму, ещё больше усилив собственные телепатические способности, раскрытые в результате операции в госпитале «Армахема». И только Беккет с Хэлфордом готовится вернуться на поверхность, как исследователя обезглавливает клон-асcаcин.